Преследование военных преступников и «нежелательных лиц» Большое внимание оккупационные власти уделяли отстранению одиозных деятелей прежнего режима от руководящих постов в государственных и общественных органах и даже в экономической сфере. Предполагалось, что это должно облегчить демократические преобразования, предотвратить возможность ремилитаризации Японии. Для этого использовались как судебное преследование (суды, формировавшиеся государствами-победителями), так и административные меры (отстранение от должностей, осуществлявшееся японским правительством по указанию штаба главнокомандующего оккупационными войсками).
Скамья подсудимых на Токийском процессе 11 сентября штаб Макартура опубликовал первый список подозреваемых в военных преступлениях «класса А». В него были включены бывший премьер-министр Тōдзё Хидэки, многие министры и другие видные деятели военного времени. В конечном счете перед Международным военным трибуналом для Дальнего Востока, учрежденным из представителей 11 государств, пострадавших от японской агрессии, предстало 28 обвиняемых в качестве главных военных преступников.
Токийский процесс, длившийся с 3 мая 1946 г. по 12 ноября 1948 г., осудил агрессивные войны Японии в 1937-1945 гг., установил преступный характер политики японского руководства, принесшей громадные жертвы и лишения народам многих стран и народу самой Японии. 7 подсудимых, в том числе бывшие премьер-министры Тōдзё, Хирота и военный министр Итагаки, были приговорены к смертной казни и повешены, 16 человек были осуждены на пожизненное тюремное заключение и двое — на меньшие сроки. Двое подсудимых — Мацуока и Нагано — умерли до вынесения приговора, еще один — Ōкава — был признан невменяемым.
Помимо Токийского процесса главных военных преступников, в Сингапуре, Маниле, Гонконге, на о-ве Гуам, в Иокогаме военные трибуналы рассматривали дела подозреваемых «класса В» и «С» (зверства и негуманное отношение к военнопленным и т.п.). По этим делам к смертной казни приговорили 937 чел., к пожизненному заключению — 358, к другим наказаниям более 3 тыс. чел.
В Советском Союзе значительно позже, в 1949 г., состоялся Хабаровский судебный процесс над бывшими военнослужащими японской армии, обвинявшимися в подготовке и применении бактериологического оружия. К различным срокам тюремного заключения были приговорены 12 чел., в том числе командующий Квантунской армией Ямада.
Куда более широкие масштабы приняло административное преследование «нежелательных лиц». Вслед за начавшимся по указанию штаба Макартура увольнением сотрудников репрессивных органов японскому правительству специальным меморандумом было поручено устранить из сферы образования профессиональных военных и милитаристски настроенных лиц, а также восстановить тех, кто в предвоенные и военные годы был уволен за либеральные и пацифистские убеждения. В результате из сферы образования было удалено около 7 тыс. чел.
В соответствии с еще одним меморандумом (от 4 января 1946 года) к «нежелательным лицам» дополнительно были отнесены влиятельные члены Ассоциации помощи трону, Политической ассоциации Великой Японии и сотрудничавших с ними организаций, а также руководящие деятели предприятий и финансовых органов, имевших отношение к колониальной политике. В дальнейшем этот перечень был расширен, в него были включены руководители местных филиалов Ассоциации помощи трону, влиятельных промышленных компаний военного времени, экономических организаций, средств массовой информации и т.п. Всем этим лицам было запрещено занимать любые общественные должности.
По официальной статистике всему спектру репрессивных мер (включая отстранение с занимаемых постов и запрет на занятие общественных должностей) подверглись свыше 200 тыс. чел. Тем самым был нанесен чувствительный удар по управленческим кадрам, выдвинувшимся при прежней системе. Произошло значительное обновление и омоложение штатов правительственных учреждений и руководящего состава предприятий. Вместе с тем кампанейский характер отстранения «нежелательных лиц» вел к тому, что под репрессии зачастую подпадали люди, не бывшие ревностными сторонниками прежней системы, преследование нередко использовалось в карьерных интересах.