Алалияның себептері Алалияның пайда болу себептері жөнінде көп уақытқа дейін әр түрлі пікірлер айтылды. Атап айтсақ, Р.Коэн (1888), А.Гутцман (1924), Э.Фрешельс (1931), М.Зееман (1962) т.б., бұл бұзылыстың негізгі себебі туылғанға дейінгі кезде және бала дамуының ерте кезеңіндегі қабыну және алиментарлы-трофикалық ауысу патологиялары деп есептеген.
А.Трейтель (1901) алалияны зейінмен есте сақтау қабілетінің жеткіліксіздігінің салдары деп есептеген. А.Либман (1901) алалиядағы сөйлеу тілінің жетілмеуін зияттың жеткіліксіздігімен байланыстырған. А.Ивинг (1963) бұл балаларда бас миының зақымдануындағы сөйлеу тілінің жеткіліксіздігінің басты белгісі ретінде сөздің моторлы бейнесінің жоқтығын атап көрсеткен. М.Зееман (1962) сөйлеу тілі бас миындағы сөйлеу орталықтарының (сөйлеу тілінің ми аялары) бұзылыстыры салдырынан дамымайды деген. Р.Лухзингер (1970), М.Берри (1957), М.Б.Эйдинова (1961), В.А.Ковшиков (1985) және басқалар алалияның пайда болуында туылған кездегі нәрестелердің бас ми жарақаттары мен асфиксиясы негізгі рөлге ие деген.
Туылған кездегі жарақаттар мен асфиксиялар туылғанға дейінгі патологиялардың салдары болып табылады. Осылардың бәрі оттегінің жетіспеуіне, тыныс алу орталығының функциясының төмендеуіне әкеп соғады. Ең бірінші, бас миының филоонтогенетикалық жағынан жас, үшінші қабығының клеткалары оттегі жетіспеуіне сезімтал болады. Бас миының үшінші қабығының клеткалары ассоциациялық байланыстардың күрделі жүйесінің басы болып, адамның жоғарғы қабықша функцияларының, ең алдымен – сөз және психикасының қалыптасуын қамтамасыз етеді.
Этиологиялық факторлар ішінде іште жатқан кездегі энцефалиттер, менингиттер, дамудың жағымсыз жағдайлары, құрсақтағы нәрестенің интоксикациялары, туа біткен себептер, іштегі және ерте жастағы нәресте миының жарақаттары, ерте жастағы аурулардың бас миына тигізген әсері.
Іште жатқандағы патология бас миының диффузды зақымдануына әкеп соғады, ал туылған кездегі ми жарақаттары мен асфиксия өте шоғырланған бұзылыстарға себепші болады. Бас миының әртүрлі аяларының зақымданулары сөз және сөзсіз функциональды жүйелердің дамуын бұзады. Е.М.Мастюкова (1981), алалияны нейроонтогенез тұрғысынан сипаттай келе, пренатальды және ерте постнатальды кезеңде кез келген зиянды фактордың әсерінен, бас миының қабығы әлі де қалыптасу деңгейінде болғанда, шоғырланған ақауды белгілеу өте қиын деген. Себебі зақым көбірек таралған немесе диффузды сипатта болады деген. Бұл жағдайда балада ММД - минимальды ми дисфункциясы байқалады.
С.А.Корсаков пен Н.И. Красногорскийдің байқауынша, алалия орталық жүйке жүйесінің әлсіздігінен, ең алдымен гипотрофияға себепші болатын соматикалық аурулардың салдарынан болады. Ю.А. Флоренская алалияның патогенезінде рахит, ерте жаста тамақтану мен ұйқының бұзылуы, тыныс мүшелерінің жиі ауырулары орын алады деген. Бұл пікірмен барлық авторлар келісе бермейді. Соматикалық ауырулар негізгі емес болып табылатын, тек неврологиялық сипаттағы патологиялық процестердің әсерін асқындыратын болуы керек.
Кейбір авторлар (Р.Коэн, 1888; М.Зееман, 1961; Р.Лухзингер, А.Салей, 1977 және басқалары) алалияның этиологиясындағы тұқым қуалаушылық, отбасының бейімділігін атайды. Алайда, олардың ролі туралы дәлел болатын ғылыми ақпараттар әдебиеттерде көрсетілмеген. Кейінгі жылдары алалияның пайда болуында минимальді ми клеткаларының зақымдануының (минимальді ми дисфункциясы) ерекше ролі туралы айтылады. Көбінде алалиясы бар бала анамнезінде бір емес, бірнеше патологиялық факторлардың кешені байқалады.