Қазақстан Республикасының кеден органдарының міндеттері кеден кодекстің 24-ші бапта көрсетілген. сыртқы экономикалық және өзге де қызметке қатысушылардың кеден ісі салсындағы заңды құқықтарын сақтауға және мемлекеттің мүдделерін қорғауға;
төмен тұрған кеден органдарының және кеден органының лауазымды адамдарының шешіміне, әрекетіне шағымдарды қарауға;
өз өкілеттігі шегінде Қазақстан Республикасының сыртқы саудасы мен экономикасын дамытуға жәрдемдесуге, Қазақстан Республикасының кедендік шекарасы арқылы тауар айналымын жеделдетуге ықпал етуге;
тауарлар мен көлік құралдарының Қазақстан Республикасының кедендік шекарасы арқылы өткізілуіне кедендік бақылау жасауды жүзеге асыруға;
Қазақстан Республикасының қылмыстық іс жүргізу заңдарында көзделген тәрттіппен кеден ісі саласындағы қылмыстар туралы істер бойынша анықтау жүргізуді жүзееге асыруға;
Қазақстан Республикасының әкімшілік құқық бұзушылық туралы заңдарында көзделген тәртіппен кеден ісі саласындағы әкімшілік құқық бұзушылық туралы істерді қарауға және әкімшілік жазалар қолдануға;
өз өкілеттігі шегінде сыртқы экономикалық және өзге де қызметке қатысушылардың өз құқықтарын іске асыруынажәрдем көрсетуге;
кеден төлемдердің және салықтардың толық өндіріп алынуын және бюджетке уақытылы аударылуын қамтамассыз етуге;
бюджетке белгіленген мерзімдерде төленбеген кедендік төлемдердің және салықтардың сомаларын, сондай-ақ олар бойынша өсімақыны белгіленген тәртіппен өндіріп алуға;
Қазақстан Республикасының заңдарында белгіленген мерзімдерде кеден ісі саласындағы қызметті жүзеге асыруға арналған лицензиялар, шешімдер, рұқсаттар, біліктілік аттестаттарын беру туралы шешім қабылдауға;
Қазақстан Республикасының сыртқы саудасын кедендік статистикасын және арнаулы кедендік статистикасын жүргізуді жүзеге асыруға;
мемлекеттің меншігіне айналдырылған тауарлар мен көлік құралдарының сақталуын қамтамасыз етуге;
өз құзіреті шегінде Қазақстан Республикасының кедендік шекарасын күзетуді және кедендік бақылау аймағы режимінің сақталуын бақылауды қамтамассыз етуге;
Қазақстан Республикасының заңдарына сәйкес кеден органдары қызметінің қауіпсіздігін, кеден органдарының лаузымды адамдары мен олардың отбасы мүшелерін құқыққа қарсы әрекеттерден қорғауды қамтамассыз етуге;
өз құзіреті шегінде кеден органдары лауазымды адамдарының тарапынан болған құқық бұзушылықтардың алдын алу, анықтау және жолын кесу жөніндегі жұмысты жүргізу;
кеден ісі саласындағы құқық бұзушылықтардың жасалғасдығы туралы ақпарат жинауды және талдауды жүзеге асыруға;
өз құзіреті шегінде сот актілерін, прокурорлардың,сондай-ақ құқық қорғау органдарының басқа да адамдарының жазбаша тапсырмаларын орындауға, оларға жекелеген іс жүргізу іс-әрекеттерін жасауға жекелеген іс жүргізу іс- әрекеттерін жасауға жәрдем көрсетуге;
ұлттық қауіпсіздік органдарымен және басқа да тиісті мемлекеттік органдармен өзара іс-қимыл жасай отырып, Қазақстан Республикасының Мемлекеттік шекарасын қорғауды қамтамассыз ету жөніндегі шараларды жүзеге асыруға;
Қазақстан Республикасының салық, валюталық және өзге де заңдары саласындағы құқық бұзушылықтарды анықтауда, олардың алдын алуда және жолын кесуде салық қызметі органдарына және басқа да мемлекеттік органдарға жәрдем көрсетуге;
сыртқы экономикалық және кеден ісі саласындағы өзге де қызметке қатысушыларды тұрақты негізде, оның ішінде Қазақстн Республикасының кеден заңдарындағы өзгерістер мен толықтырулар туралы уақтылы хабарландырып отыруды қамтамассыз етуге;
кеден ісі саласында келіп түскен сауалдар мен ұсыныстардың уақтылы қаралуын және оларға жауап қайтарылуын немесе олардан туындайтын өзге де іс-әрекеттерді жасалуын қамтамассыз етуге;
кеден ісі саласында өтеусіз кеңес беруді жүзеге асыруға;
Қазақстан Республикасының кеден заңдарына сәйкес кедендік әкімшілік жүргізуді жүзеге асыруға;