Үздіксіз бен импульсті масс-анализаторлардың айырмашылығы – біріншісінде – иондар үздіксіз беріледі, ал екіншісінде – белгілі бір уақыт интервалдармен.
Масс-спектрометрде екі масс-анализаторлар болуы мүмкін - ондай масс-спектрометрді – тандемдыдеп атайды.
Тандемды масс-спектрометрлер әдетте, ионизацияның «жұмсақ» әдістерімен жүреді – ол жағдайда молекулалардың иондарының фрагментациясы жүрмейді.
Сонымен: бірінші масс-анализатор молекулярлы иондарды анализдейді, одан шыққан молекулярлы иондар инертты газдың молекулаларымен немесе лазер сәулелерінің әсерінен соғысып, фрагментацияланады.. Фрагментацияланған иондар екінші масс-анализаторда анализденеді.
Ең көп таралған тандемды масс-спектрометр – ол - квадруполь-квадрупольді және квадруполь-времяпролётная.
