Молекулалардың атомдық құрамын, молекулалық салмағын, құрылысын және атомдардың изотоп түрлерін анықтайды;
Масс-спектрометрияның басқа әдістерден аналитикалық физико-химиялық әдістерден айырмашылығы - ол оптикалық, рентгендік және басқа сәулелердің сіңірілуі немесе шағылысуын зерттемей, тікелей затты зерттейді;
Масс-спектрометрия массаларын, яғни массалардың зарядтарға сәйкестіктерін зерттейді. Ол үшін зарядталған бөлшектердің магниттік немесе электр өрісіндегі жылжу заңдылықтары қолданылады, яғни зарядталған бөлшектер сортталады.
Біріншіден: бейтарап молекула мен атомдарды иондарға айналдыру қажет (ионизация);
Екіншіден: иондарды газды фазаға масс-спектрометрдің вакуумдық бөлімінде буландыру. Вакуум иондардың масс-спектрометрде жылжуын қамтамасыз етеді, ол болмаса иондар шашырап, рекомбинацияланады (превратятся обратно в незаряженные частицы).