2. Шоқан – саяхатшы, қоғам қайраткерi, ғалым. 1854—1857 жылдары Ұлы жүз қазақтары мен кейбір қырғыз руларын Қоқан хандығының ықпалынан шығарып, Россияға бейбіт түрде қосылуға әрекет етеді.
Ш.Уәлиханов Қашғарияға жасаған саяхатынды оны жан-жақты зерттеуі, географиялық сипаты, саяси құрылысы, мәдениеті мен тұрмыс-салт ерешеліктері туралы мағлұмат-деректерді әлемге, ғылымға ашып беруге тиіс болды. Ержүрек саяхатшы бұл сапарда талай-талай қиындықтар мен кедергілерден өтеді, жалған атпен Әлімбай болып керуен басының туысы ретінде аттанады, Тянь-Шань биіктерінін, бірі Сырт деп аталатын хауіпті әрі адам қадам баспаған биік асуларында түтекке тұншығып, суыққа тоңып, қарлы жаңбырда тайғанақтаған ат-түйелері де біраз шығынданып, кейде алыс ауыл тұрғындарының қауесет-сенімсіздіктеріне де кездесіп, талай бөгеттерді өткеріп, керуен 1858 жылдың 27 сентябрінде Қытай шекарасынан өткен.
Қашғарияда Шоқан 1858 жылдың 1 октябрінен 1859 жылдың март айының ортасына дейін болған кезде бұл аймақты — Қашғар қаласы мен Алты шаһар елін терең зерттейді. Ол кезде алты шаһар деп солтүстіктен Тянь-Шань, оңтүстіктен Күн-Лунь тауы қоршап тұрған Қашғар, Ақсу, Учтурфан, Янысар, Жаркент, Хотан қалаларын айтады екен. Қоқан ханының Қашғардағы сауда консулы, әрі саяси резиденті, егде тартқан ресми адаммен Шоқанның сыйлас, құрметтес болуы сапар нәтижелерінің өнімді де пайдалы болуына едәуір жәрдемдескен.
Ш.Уәлиханов Қашғарияның экономикалық-саяси құрылысын, тарихын, этнографиясын рухани өмірін зерттеген, бұл аймақтың өткені мен сол кездің қалпын жақсы білетін адамдармен, ғалымдарымен, ақындарымен де кездесіп, мағлұматтар жинаған. Зерттеуге қажет деп саналған талай бұйымдар да жиналған. Сөйтіп, бейтаныс елді жан-жақты сипаттайтын, әскери, саяси, экономикалық, сауда-саттық жағынан үкіметке де ғылымға да пайдалы бай материал мен сирек деректерді жинап, қиыншылықтар мен қауіп-қатерді көп көріп Шоқан керуені 1859 жылдың апрелінде елге оралған. Шоқан Омбыда экспедиция материалдарын жүйелеп, қорыту ісімен біраз айналысады да, Петербургке келеді. Петербургке келуі 1860 жылғы февральда, енді бір мәлімет бойынша 1859 жылдың аяғында. Ол 1860 жыл бойы астанада болған. Қашғария сапарының нәтижелі жемісі —«Алты шаһардың яғни Қытайдың Нан-Лу провинциясының (Кіші Бұхараның) шығыстағы алты қаласының жайы» атты еңбегі Шығыс Түркістан халықтарының тарихына, географиясына, әлеуметтік құрылысына арналып жазылған ғылымның биік деңгейіндегі тұңғыш зерттеу жұмысы болды. Сондықтан орыс ғалымдары мен саяси қайраткерлері оны шығыстың тарихы мен географиясы туралы Европа ғылымын толықтырған шын мәнісіндегі географиялық жаңалық, ал Қашғарияға жасаған сапарын нағыз ерлік деп таныды. Қашғария сапарының ғылыми нәтижелері туралы Орыс География қоғамында мәлімдеме жасағаннан кейін-ақ, оның материалын Германияда неміс тілінде басып шығарды. 1865 жылы Лондонда ағылшын тілінде жарияланды. Бұл енбектері Батыс Европада жоғры бағаланушының айғағы еді. Қашғария экспедициясы ресми үкімет тарапынан да аталып өтті. Оған дәлел 1860 жылғы 8 апрельдегі Үкімет указы бойынша «..поручик сұлтан Шоқан Уәлихановқа штабсротмистр әскери атағы, 4-дәрежелі Ізгі Владимир ордені және бір жолғы көмек ретінде 500 сом күміс ақша берілсін» — делінген. Шоқанның ұсынысы бойынша, осы экспедицияның жұмысына қатысы бар 22 адам қоса наградталған, оның ішінде керуен басы Мұсабай, Семей көпесі Бұқаш, К.К.Гутковский т. б. бар.
1860 жылы Петербургте болғанда, Бас штабтың әскери-ғылыми комитетінде қызмет істеген, Сыртқы істер министрлігінің Азия департаментінде, Орыс География қоғамында қызметте болған, талай ресми қайраткерлермен, шығыстанушылармен, әдебиетшілер тобымен кездескен. Олардың ішінде Ішкі істер министрі граф Д.Н.Блудов пен Синодтың обер-прокуроры граф А.П.Толстой сияқты ресми қайраткер, Ф.Р.Остен-Сакен, В.В.Григорьев, И.И.Захаров, В.В.Вельяминов-Зернов, М.А.Казем-бек, А.Н.Бекетов, А.Н.Майков, В.Крестовский тағы басқалары бар. Олардың біразымен III.Уәлиханов сыйлас дос болған бұрынғы достары Ф. М.Достоевскиймен, Г. Н.Потанинмен араласқан.
Ш.Уәлиханов Петербургте болғанда өнімді ғылыми жұмыс жүргізеді. Бас штабтың әскери-ғылыми комитетінің тапсыруы бойынша ол Орта және Орталық Азия мен Қазақстанның карталарын жасайды. Оның редакциясымен «Балқаш көлі мен Алатау жотасы аралығының картасы", "Іле сырты өлкесі бөлігінің рекогноссировкасы», "Құлжа қаласының жобасы», «Ыстықкөл экспедициясының қорытындысына қосымша карта», «Қытай империясының батыс өлкесінің картасы" т.б. дайынлады, Ш. Ш. Уәлихановтың география, картография Юграфия салаларына қосқан үлесі зор. Ол География қоғамында белгілі неміс ғалымы Карл Риттердің еңбектерін баспаға әзірлеседі, неміс, ағылшын, француз тілдеріндегі еңбектерді зерттейді. Шоқан Петербургте Сыртқы Істер министрлігінің Азия департаменті жанындағы Жоғары мектепте, География қоғамында Шығыс Түркістан, Тянь-Шань, Қырғызстан туралы лекция оқиды, университеттің тарих-философия факультетінде лекцияларға қатысады.
1860жылдары Петербургте Шоқанның «Жоңғария очерктері», «Алты шаһардын немесе Қытайдың Нан-Лу провинциясының (Кі-ші Бұхараның) шығыстағы алты қаласының жағдайы туралы», «Адольф Шлагинтвейттің өліміне әкелген жағдайлар туралы мәліметтер» еңбектері жарияланды.
1861 жылдың көктемінде денсаулығы тым нашарлап кетуіне байланысты Шоқан Петербургтен туған жеріне оралды. Мұнда да ол творчестволық, ғылыми ой толқындарын өрістете берді, ғылыми еңбектермен шуғылданды, талай ақын-жыршылардан өлең-әңгімелер, аңыз-ертегілер жинады, талдаулар жасады, қоғам құрылысына көп көңіл бөлді, үстем тап өкіметінің жүгенсіздіктерін, озбырлық-зорлықтарына қарсы күресуді, сөйтіп қазақ халқының тіршілік-тынысын жақсартуға көмектесуді, әділеттілікті ойлады. Шоқан Уәлиханов Атбасар округының аға сұлтандық қызметіне сайлауға қатысып, көршілік дауыс алғанымен, Сібір әкімшілігі оны аға сұлтандыққа бекітпеді, өйткені демократтық бағыттағы озық ойлы ғалым билеуші топ үшін, зорлықшылар мен жемқорлар үшін қауіпті де кедергі болатын адам деп есептеледі. «Менің сұлтан да болғым келген еді, ондағы ойым халқыма қызмет етіп, оларды чиновниктер мен бай қазақтардың қатал қысымынан қорғау еді» — деп жазды Шоқан Ф.М.Достоевскийге.
Ол Омбыға барып, сол кезде Қазақстанда сот реформасын жүргізудің жобасы жасалып жатқанда, облыстық басқарманың заң комиссиясының жұмысына қатысады, сот реформасы елге тиімді, пайдалы болуды талап етеді. Бұл тұста оның «Сот реформасы туралы жазбалар» еңбегінің маңызы аса зор. Онда қазақ қоғамының экономикалық, саяси, рухани жағдайлары және қазақ халқының болашақ даму негіздері мен жолдары терең талданды, Ш.Уәлиханов «...Азаматтық жағынан өсіп-өркендеуінде үлкен үміт туғызып отырған, орыстарды отандас туысқанымыз деп санап отырған және орыс мемлекетінің қарамағына еркімен қосылып отырған миллиондағанадамамдардың тағдыры, Шекспирше айтқанда, болу не болмау» деген сияқты үзілді-кесілді мәелелерді шешерде көбірек көңіл бөліп, көбірек қамқорлық жасауға тұратын іс сияқты», одан әрі Шоқан қазақ елінің дамуы үшін қандай шаралар қажет екенін егжей-тегжейлі сөз етеді.
1864 жылдың көктемінде Шоқан Оңтүстік Қазақстанды Россияға қосу жөніндегі полковник М.Г.Черняевтің әскери экспедициясына шақырылады, Әулие-ата қамалын алуға қатысады. Бірақ жергілікті халықтарға Черняевтің, оның әскери қызметкерлерінің көрсеткен озбырлығы мен қаталдығына наразы болған бір топ офицермен бірге Шоқан 1864 жылы армиядан бөлініп, Верныйға (Алматы) келеді. Ол Албан руының аға сұлтаны Тезек төренің ауылына барып, жергілікті тұрғындарының аңыз-ертегілерін жинап, зерттеумен шұғылданады, сол кезде Батыс Қытайдағы қоғамдық-саяси жағдайдың шиеленісуіне байланысты болған дүнгендер көтерілісіне көңіл бөледі. Жұмыс бабымен Қапалға оқта-текте келіп жүрген бір сапарында Ш.Уәлиханов «Русский инвалид» әскери газетіне Құлжадағы жағдай, дүнген қозғалыстарына байланысты мақала жіберді, ол мақала осы газеттің 1865 жылғы 51 санында жарияланды, бұл оның ең соңғы еңбегі еді. Меңдеген ауру асқынып, Шоқан 1865 жылы 10 апрельде Алтынемел жотасының етегіндегі Көшен-тоған деген жерде Тезек ауылында қайтыс болды, сонда жерленді. Қазіргі Талдықорған облысы Шоқан атындағы колхоздың маңында «Алтынемел» мемориалдық комплексі бар. Шоқан өзінің қысқа өмірінде қоғамдық ғылымдардың алуан саласында — тарихта, шығыстануда, географияда, этнография да, экономикада, филологияда, өнертануда — көптеген құнды еңбектер қалдырды. Ол Қазақстанның, Орта және Орталық Азияның түрік тілдес халықтарының — қазақтың, қырғыздың, өзбектің, ұйғырдың, турікменнің тарихы мен сол кездегі жағдайы, тілі мен әдебиетін терең зерттеумен шығыстану ғылымына зор үлес қостң. Шоқанның
Кейін сол материалдар негізінде Шоқан Уәлиханов өзінің «Алты шаһардың яғни Қытайдың Лан – Лу провинциясының (Кіші Бұқараның ) Шығыстағы алты қаласының жай – күйі деген атақты еңбегін жазды. Европаға беймәлім дерлік осы өлкенің географиялық сипаттамасына, әлеуметтік - қоғамдық құрылысына, жергілікті халықтарының тарихына арналған бұл еңбек ғылымға баға жетпес үлес болып қосылды. Қашқарияға атақты саяхатынан кейін Шоқан бір жарым жылдай Петербургте болды. Мұның өзі оның Росссияның саяси - әлеуметтік өмірімен жете танысуына, білімін тереңдетуіне мүмкіндік берді. Сол уақытта, Шоқан барған тұста Петербург 1861 жылғы реформаның қарсаңында еді. Петербургте ғылыми жұмыспен шұғылданып, География қоғамының қызметіне белсене қатысып, университетте лекциялар тыңдап, шетел тілдерін терең үйрене жүріп, Шоқан өзінің бұрынғы достары П.П.Семенов Тян – Шанскиймен, Ф.М.Достоевскиймен кездесті және көптеген көрнекті ғалымдармен, әдебиетшілермен танысты, кейбірімен достасып кетті. Олардың ішінде Шығысты зерттеуші ғалымдар А.Н.Бекетов, В.ВГригорьев, В.П.Васильев, В.В.Вильяминов – Зернов, Н.М.Ядринцев, ақындар А НМайков, Я.П.Полонский, сыншы Н.Н.Страхов, тағы басқалар бар, Шоқанның астана өмірінің қайнаған ортасында болуы оның демократияшылдық, ағартушылық, саяси - әлеуметтік, ғылыми көзқарастарының берік қалыптасуына, нығая түсуіне ықпал етті. Ол «Қазақтың шежіресі», «Іле өлкесінің географиялық очеркі», «Жоңғария очерктері», «Көне замандағы қазақтың қару - жарақтары, сауыт - саймандары», «Қазақтардағы шамандықтың қалдығы», «Сахарадағы мұсылмандық туралы», «Қазақтың көші - қоны», «Сот реформасы жайында хат», «Қазақтар туралы жазбалар», «Абылай»,«Даладағы мұсылмандық», «Қазақтағы шаман дінінің қалдықтары», «Қазақтың көшіқоны», «Оңтүстік Сібір тайпаларының тарихы туралы пікірлер», «Ыстықкөл күнделіктері» тағы басқа еңбектерінде Қазақстан мен Орта Азиядағы түрік халықтарының келелі мәселелері кеңінен зерттелді және де зерттеулерде, мәселелер қою мен шешуде қазақ ғалымы дұрыс ғылыми бағыт ұстағаны кейінгі оқымыстылар зерттеулері арқылы расталды, бүгінгі күні де ғылыми мәні сақталды тағы басқа еңбектерінде өзі жинаған қыруар материалдарға сүйене отырып, терең пікірлер айтты.