Хемотрофты(энергия көзі ретінде әртүрлі органикалық және органикалық емес заттарды қолданушылар);
Энергияны қабылдау тәсіліне қарай микроорганизмдерді: фотоавтотрофтар, хемоавтотрофтар және хемогетеротрофтар деп ажыратады.
Фототрофтар қоректену типіне қарай екіге бөлінеді:
Фотолитотрофтар. Көмір қышқыл газы мен (CO2) мен органикалық емес (H2O, H2, S) қосылыстардан клеткаларына қажетті заттарды синтездеу үшін күн көзінің энергиясын қолданады. Бұларға: цианобактериялар, қошқыл күкірт бактериялары, жасыл күкірт бактериялары жатады.
Фотоорганогетеротрофтар. Клеткаға қажетті заттарды синтездеу үшін энергияны фотосинтез құбылысы ғана емес, сонымен бірге жай органикалық қосылыстардан да алуға бейімделген микроорганизмдер. Бұларға: күкірт сутегін (H2S) тотықтыра алмайтын, күкіртті клеткаға жинап сыртқа шығара алмайтын қошқыл күкірт бактериялары жатады.
Хемотрофия қоректену типі екіге бөлінеді:
1) Хемолитоавтотрофтар. Тіршілік етуі үшін энергияны органикалық емес қосылыстарды (H2, NH4, NO2, H2S, SO3, CO) және тағы басқаларды тотықтыру барысында қамтиды. Бұл процесті хемосинтез деп атайды. Көміртегі көзі ретінде көмірқышқыл газын қолданады. Бұларға: темір және нитрлендіруші бактериялар жатады.
2) Хемоорганогетеротрофтар. Энергия мен көміртегін органикалық қослыстардан қамтиды. Бұған топырақта және басқада субстраттарда тіршілік ететін көптеген аэробты және анаэробты бактериялар жатады.
Микроорганизмдерде миксотрофия тәсіліменде қоректену байқалады. Мысалы, миксотроф бактерия органикалық және минерал қосылыстарды көміртегінің көздерін бірден тотықтырғанда көміртегі көзі ретінде көмірқышқыл газы мен органикалық заттарды пайдалануға бейімделген. Табиғатта мелитрофты жолмен де қоректентін бактериялар бар. Олар энергия мен көміртегінің көзі ретінде метан, метанол, формиат, метиламиндерді қолданады.
Микроорганизмдердің көпшілігінде азотты сіңіру дәрежесі түрліше. Азот- бактериялар тіршілігі үшін аса маңызды қоректік зат. Ол негізінен тірі цитоплазманың тірегі. Азотты сіңіру қабілетіне қарай бактериялар үлкен екі топқа бөлінеді:
Аминоавтотрофты бактериялар. Олар белокты азоттың минералдық және органикалық қосылыстарынан түзеді.
Аминогетеротрофты бактериялар. Бұлардың көпшілігі жай қосылыстарда (минералды тұздарда) кездесетін көміртегі мен азаттан аминқышқылдарын түзеді.
Микроорганизмдердің басым көпшілігі белокты заттарды, май текті заттарды, нуклейн қышқылдарын, витаминдерді, көмірсуларды тағы басқа өсуге қажетті қоректік заттарды қажет етеді. Витаминдер клеткада катализаторлық қызмет атқарады.