В конце XIV века на ослабленный междоусобицами Могулистан начал совершать завоевательные походы эмир Тимур. Во время первого похода (1371–1372 гг.) он дошел до города Алмалык, но не смог его взять. Во время следующего похода (1375–1377 гг.) Тимур дошел до реки Чарын в Жетысу. Он разгромил могульского военачальника Камар ад-Дина, который бежал в Турфан в Восточном Туркестане. В 1380–1390 годах эмир Тимур неоднократно совершал опустошительные набеги на Могулистан. Общее количество войск Тимура доходило до 120 тысяч человек. Могульское ханство было ослаблено и распалось на несколько владений. Хизр-Ходжа признал вассальную зависимость от эмира Тимура. Могулистан обрел независимость только после смерти эмира Тимура (1405 г.) при правлении Мухаммед-хана, наследника Хизр-Ходжи. Он использовал в своих целях раздоры между потомками Тимура. Для укрепления центральной власти Мухаммед-хан упорно насаждал в государстве ислам.
После смерти Мухаммед-хана в Могулистане снова начались междоусобицы. Внук Тимура Улугбек возвел на могульский трон своего ставленника Шер-Мухаммеда, внука Хазр-Ходжи. Его противники провозгласили ханом Уайса (вайс-хана), второго внука Хазр-Ходжи. В 1425 году Улугбек предпринял поход против Могулистана, разорив его. В первой половине XV века восточные рубежи Могулистана стали подвергаться набегам ойратов (калмаков). Уаис-хану удавалось вести с ними довольно успешную борьбу. После смерти Уаис-хана (1428 г.) Могулистан снова распался на части. Борьбу за ханский трон продолжили его сыновья: Жунус (Юнус) и Есен-Буга. При поддержке племени дуглат ханом стал Есен-Буга (1433–1462 гг.), но борьба за ханскую власть прекратилась только после его смерти. В 1428 году в борьбе за власть со своим братом Юнусом (Жунусом) победу одержал Есен-буга (1433–1462 гг.). Междоусобная борьба в Могулистане завершилась лишь после смерти Есен-Буги во второй половине XV века.
