Эукариот жасушаларында ядро және мембранамен байланысқан органеллалар болады, ал прокариот жасушаларында ядро да, мембранамен байланысқан органеллалар болмайды. Мұны эукариоттық және прокариоттық организмдер арасындағы негізгі айырмашылық деп қарастыруға болады. Сонымен қатар, эукариоттар мен прокариоттық организмдердің тағы бір айырмашылығы - эукариоттардың бір клеткалы немесе көп жасушалы болуы мүмкін, ал барлық прокариоттар бір клеткалы болады.
Сонымен қатар, эукариоттарда 80S рибосома, прокариоттарда 70S рибосома болады. Демек, бұл эукариот пен прокариоттың тағы бір айырмашылығы. Сондай-ақ, эукариот пен прокариоттық ағзалардың тағы бір айырмашылығы - эукариоттарда көптеген хромосома болады, ал прокариоттарда жалғыз хромосома болады. Прокариот ұғымы “ядроға дейінгі”, ал эукариот – “жақсы немесе анық ядросы бар” дегенді көрсетеді.
Прокариот клеткаларының эукариот жасушаларынан айырмашылығы – олардың генетикалық материалы – сақиналы ДНҚ құрамына ақуыздар кіретін күрделі хромосомаларға жинақталмаған және де мембранамен қапталмаған. Прокариоттарда белгілі бір қызметтер атқаратын мембраналық құрылымдары болмайды. Бактериялар екіге жай бөліну арқылы көбейеді, сондай-ақ екі клетка арасында генетикалық ақпарат алмастыру түрінде жүретін жыныстық көбеюді байқауға болады. Прокариоттар клеткаларының пішіндеріне сәйкес ұсақ болып келеді.
