Бөлшек төлемдер жүйесі (БТЖ) клирингтік есеп айырысу жүйесі болып табылады. Қазақстанда клиринг палатасының функцияларын ҚРҰБ берген лицензияның негізінде Қазақстан Банкаралық Есеп айырысу орталығы орындайды. 1995 жылдан бастап ҚБЕО клиринг палатасы ретінде жергілікті облыстық клирингті жүзеге асырды, онда оның пайдаланушылары клирингтің басқа қатысушыларына дебеттік және кредиттік шектеулерді күнделікті ұсынып отырды. Ондагы тәуекелдердің құрылу принциптері мен басқару жүйесі екінші деңгейдегі банктердің аздаган санымен ғана қатысушылардың шеңберін шектеді. Алайда банк жүйесіндегі қажеттіліктің өсе түсуі Қазақстанның барлық аймақтары мен қаржы мекемелері үшін ашық клиринг құру қажеттігіне алып келді.
1999 жылы ҚРҰБ екінші деңгейдегі банктер филиалдарының корреспонденттік шоттарын ҚРҰБ-нің орталық аппаратына аударуды жүзеге асырды, сонымен бірге аймақтық клиринг палаталары жабылды, олардың функциялары ҚБЕО-ға берілді. Жаңа клирингтік жүйе Қазақстанның барлық банктері мен банктік емес ұйымдарын, оған қоса Қазынашылықты, зейнетақы қорларын және басқаларды қосуға мүмкіндік берді. Жаңа клирингтің жағымды жақтары: алдағы күнмен валюталау арқылы жұмыс істеу мүмкіндігі (төлемдерді алдағы үш күнге есептеу күнімен қалыптастыруға болады), түпкілікті есеп айырысу уақытына дейін төлемдерді қайтарып алу, МТ102 хабарламалар форматын өңдеу болып табылады.
БТЖ-де ұсақ жедел емес төлемдер жүзеге асырылады. БТЖ-де 3 млн. теңге мөлшеріндегі бір төлемнің ең көп сомасына лимит белгіленген. Осы лимиттен асып кеткен жағдайда төлемді орындаудан бас тартылады. Бұл БТЖ-нің БААЖ тарифтерінен төмен төлем тарифтерінің ұсақ төлемдерін жүзеге асыратынына байланысты (бір төлем тапсырмасы үшін 9-22 теңге).
БТЖ-де ұсақ жедел емес төлемдер жүзеге асырылады. БТЖ-де 3 млн. теңге мөлшеріндегі бір төлемнің ең көп сомасына лимит белгіленген. Осы лимиттен асып кеткен жағдайда төлемді орындаудан бас тартылады. Бұл БТЖ-нің БААЖ тарифтерінен төмен төлем тарифтерінің ұсақ төлемдерін жүзеге асыратынына байланысты (бір төлем тапсырмасы үшін 9-22 теңге).
2004 жылы БТЖ-дегі төлемдердің орташа күндік саны мен сомасы 2,7 млрд. теңге сомасына 33 534 төлем болды.
Республикалық банкаралық клиринг жүйесін пайдаланушылар ҚБЕО-мен клиринг жөнінде қызмет көрсету туралы шарт жасасқан банктер және басқа қаржы мекемелері болуы мүмкін.
2005 жылдың аягында БТЖ-ны пайдаланушылар саны 51, оларды 27 екінші деңгейдегі банктер, 17 Қазынашылықтың облыстық басқармалары, Қазақстан Республикасының Ұлттық Банкі, Кастодиан банк (ҚҰБ-нің МОД), Мемлекеттік зейнетақы төлеу женіндегі орталық, «Қазпочта» ААҚ, басқа да банк операцияларының жекелеген түрлерін жүзеге асыратын ұйымдар және «Тимей» ҚӨК ЖШС құрайды.