БТЖ-нің жұмыс істеу принципі неттингке негізделген және бір операциялық күнде бір клирингтік циклі бар. Жүйе төлем тапсырмаларын 8-1 күнгі 16:00-ден бастап 8 күнгі (есеп айырысу күні) !5:00-ге дейін төлем тапсырмаларын қабылдайды. Төлем тарсырмалары қабылдау аяқталғаннан кейін бір күн ішіндегі келіп түскен және жіберілген төлемдер негізінде қатысушылардың таза позицияларын жан-жақты есептеу жүзеге асырылады. Бұдан кейін таза позициялар кейіннен түпкілікті есеп айырысу үшін 15:00 және 16:00 аралығында жүзеге асырылатын БААЖ-га жіберіледі.
БТЖ-нің жұмыс істеу принципі неттингке негізделген және бір операциялық күнде бір клирингтік циклі бар. Жүйе төлем тапсырмаларын 8-1 күнгі 16:00-ден бастап 8 күнгі (есеп айырысу күні) !5:00-ге дейін төлем тапсырмаларын қабылдайды. Төлем тарсырмалары қабылдау аяқталғаннан кейін бір күн ішіндегі келіп түскен және жіберілген төлемдер негізінде қатысушылардың таза позицияларын жан-жақты есептеу жүзеге асырылады. Бұдан кейін таза позициялар кейіннен түпкілікті есеп айырысу үшін 15:00 және 16:00 аралығында жүзеге асырылатын БААЖ-га жіберіледі.
Клиринг жүйесі ретінде БТЖ операциялық күн соңындағы таза позициялардың орнын жабу үшін ғана қажет қаражатты талап етеді. БТЖ қатысушыларының таза позицияларын есептеуді ҚБЕО 15:00-ден кейін жүзеге асырады. Бұдан кейін таза позициялар БААЖ арқылы жіберіледі және есептеледі.
Клиринг нәтижелері бойынша ақша аударымы аяқталганнан кейін клиринг ұйымы мен ҚБЕО қатысушыга осы қатысушының таза позициясына сәйкес ақша аударымының аяқталғаны туралы хабарлама береді. Сонымен бірге, ҚБЕО қатысушыларға осы қатысушының пайдасына түскен төлем құжаттарын, клиринг нәтижелері бойынша қатысушының таза позициясы туралы ақпарат және себептерін көрсете отырып, қандай да бір себеппен өңделмеген төлем құжаттары туралы ақпарат береді.
БТЖ-де әрбір қатысушыға арналған кредиттік және дебеттік шектеулер пайдаланылмайды. Тәуекелдерді басқару кезекті «жеделдету» әдісімен жүзеге асырылады. Барлық төлем құжаттары түпкілікті есеп айырысқанға дейін кезекте тұрады. Төлемдер банктер белгілеген кодтар басымдылығы, БААЖ-бен бірдей болуы ескеріле отырып, бір күн ішінде жүйеге жіберіледі, олар сондай-ақ FІFО принципі бойынша («алғашқы болып келді, алғашқы болып кетті») өңделеді. Пайдаланушының 15:00-ге дейін төлем тапсырмасын қайтарып алуға мүмкіндігі бар.