Бірінші нуклеотид үнемі 7-метилгуанилат, ол келесі нуклеотидпен пиррофосфаттық байланыс арқылы байланысқан. Келесі нуклеотидтер рибозаның 21 орны бойынша метилденген болып келеді. а-РНҚ-ның мұндай құрылымы оның 51 ұшын экзонуклеаза әсерлерінен қорғайды.
б) «қалпақшадан» (кэп) кейін 51 –трансляцияланбайтын учаске орналасқан –ол бірнеше ондаған нуклеотидтер бірізділігінен тұрады. Ол р-РНҚ кіші бөлшегіндегі бір бөлімге комплиментарлы болады және а-РНҚ –ның рибосомамен алғашқы байланысуын қамтамасыз етеді, бірақ өзі трансляцияланбайды.
в) инициаторлық кодон- ол барлық а-РНҚ-ларда бірдей –АУГ және метионин аминқышқылын анықтайды (код -инициатор).
г) инициаторлық кодоннан кейін а-РНҚ-ның негізгі бөлімі-мағыналы-кодтаушы (трансляцияланатын) учаске, яғни полипептид тізбегі туралы ақпарат жазылған учаске, орналасқан.
Эукариоттардың пісіп жетілген а-РНҚ –лары моноцистронды, ал прокариоттар (бактериялар) а-РНҚ-лары-полицистронды болып келеді.
д) а-РНҚ-ның-кодтаушы бөлімінен кейін кодон терминатар -3 мағынасыз кодонның –УАА, УАГ не УГА біреуі орналасқан.
е) кодон терминатордан кейін 31- трансляцияланбайтынучаске орналасқан, оның ұзындығы 5 1 -трансляцияланбайтын учаскеден әлде қайда ұзын.
ж) барлық пісіп жетілген эукариоттар а-РНҚ-сының (гистондық а-РНҚ-лардан басқалары) 31 ұшында 150-200 нуклеотидтерден тұратын поли-(А) –фрагмент орналасқан.
31–трансляцияланбайтын және поли-(А) фрагмент а-РНҚ молекулаларының тіршілік ұзақтығын реттеу қызметін атқарады, себебі а-РНҚ молекуласының бұзылуы 31 ұшынан бір-бірлеп нуклеотидтердің үзіліп түсіп қалуы арқылы жүреді.
а-РНҚ нуклеотидтерінің жалпы саны бірнеше мыңға жуық, оның ішінде кодтаушы учаскесіне тек 60-70% нуклеотидтер ғана тиісілі болады. Жасушада а-РНҚ-лар барлық уақытта ақуыздармен байланысып информосомалар деп аталатын кешен пайда етеді.