Президент пребывал в сомнениях, стоит ли выдвигать свою кандидатуру на второй срок. Неустойчивость Союза и угроза его развала, многочисленные уговоры друзей заставили Вашингтона уступить. Его огромная популярность подтвердилась единогласным переизбранием на второй срок в 1792 году. 4 марта 1793 года прозвучала вторая инаугурационная речь, в которой он пообещал содействовать тому, чтобы конституционная форма правления пустила свои корни «в девственной почве Америки». Были приняты и начали осуществляться программы, разработанные Гамильтоном, по стабилизации финансового и промышленного развития страны, которое расходилось с намерениями республиканцев.
Появление партий в середине 1790-х годов стало одним из показателей неоднозначности правления Вашингтона и в какой-то мере личной неудачей «отца страны», осуждавшего раскол общества на партии. Превращаясь в «партийного президента» федералистов, он подвергался все более жестокой и систематической критике. Это обострило внутриполитическую ситуацию. В то время лидеры антифедералистов и привыкшие к тихой провинциальной жизни американцы негативно воспринимали претензии федералистов на аристократизм и роскошь. Вашингтон был окрещен «восточным ламой», а его резиденцию прозвали республиканским двором. Происходили дискуссии по поводу его цветистых титулах и попытках принят закон о чеканке монет с изображением Вашингтона (как тогда делали в Европе), который рассматривали как опасное нарушение принципов республиканизма. А по мере реализации планов федералистов, ущемлявших интересы большой части американского населения, критика руководителей государства, в том числе и президента, усиливалась.
В отношениях с коренным населением президент полагался на военную силу, ему удалось вынудить индейцев уступить некоторые территории.
Конгрессом был наложен запрет на дистиллированный алкоголь, что привело к протестам в пограничных районах в 1791 году. В западной части страны- Пенсильвании протесты переросли в бунт, который получил название «Восстание Виски». Вашингтону пришлось созвать милицию штатов в количестве 13 тысяч, так как федеральная армия была немногочисленна, и направиться на подавление бунта. Руководителей приговорили к смертной казне, но помилованы главой государства. Эти события доказали способность правительства федерального государства использовать вооруженные силы для сохранности.
Во время президентства Джордж Вашингтон не раз проявлял перед Конгрессом инициативу основать Национальную Академию Наук, но его предложения были оставлены без внимания.