Шығармалары Құдайбердіұлының қаламынан терең ойлы, сыршыл лирик. өлеңдер, «Қалқаман-Мамыр», «Еңлік-Кебек», «Нартайлақ-Айсұлу» сияқты оқиғалы дастандар, «Әділ-Мәрия» романы жөне басқа да прозалық туындылар, аудармалар, тарихқа, философияға қатысты еңбектер, сазды әндер туды. 1911 ж. «Түрік, қырғыз, қазақ Һәм хандар шежіресі», 1912 ж. Семей қаласындағы «Жәрдем» баспасынан «Қазақ айнасы», «Қалқаман-Мамыр», «Жолсыз жаза яки кез болған іс», «Енлік-Кебек», «Үшанық», «Мұсылмандық шарты», «Ләйлі-Мәжнүн» т. б. шығармалары жарық көрді. 1978 жылы Ленинградта шыққан «Поэты Казахстана» деген жинақта Құдайбердіұлының бірқатар өлеңдері орыс тілінде басылды. Үлкен жинағы 1988 ж. «Жалын» баспасынан жарық көрді.
Әндері Шәкәрімнің әндерін алғаш рет нотаға түсірген голландық Альвин Эрнестович Бимбоэс. Ол 1919 - 1922 жылдар аралығында Ақмола саяси бөлімінде нұсқаушылық қызмет атқарып жүріп, қазақ әндерін нотаға түсірумен шұғылданады. Соның нәтижесінде 1926 жылы Н.Ф. Финдейзеннің редакциялауымен шыққан «Музыкалық этнография» жинағында Бимбоэстің қазақ музыкасы туралы жазған көлемді мақаласына қоса қазақтың жиырма бес әнінің нотасы басылады. Осы аталған жинақтың ішінде «№ 1 Шакарим», «№ 2 Шакарим» деген атпен Шәкәрімнің екі әні жарық көреді. Бірақ, екі әннің де өлеңі нота астына жазылмаған, тек орыс тілінде мазмұны берілген. А.Э. Бимбоэс нотаға түсірген «№1 Шакарим» әнінің екінші түрі А.В.Затаевичтің 1925 жылы шыққан «Қазақ халқының 1000 әні» жинағына «Тілек - бата» деген атпен енген. Ал Шәкәрімнің «Бұл ән бұрынғы әннен өзгерек» деген әні А.В. Затаевичтің 1931 жылы жарық көрген «Қазақ халқының 500 әні мен күйі» деген жинағында «Шәкәрім Құдайбердин әні» деген атпен жарияланған. Осы жинақтың № 156 анықтамасында А.В.Затаевич: «Шәкәрім Құдайбербин - Семей уезінің қарт ақыны, қазір тірі, жасы жетпістер шамасында. Жинақта келтірілген әнін орыс әндерінің үлгісіне еліктеп шығарса керек, - деп жазған.
Шәкәрім әндері қазақ композиторларының шығармаларына да арқау болды. Ахмет Жұбановтың «Абай» сюитасының бірінші бөліміне, А. Жұбанов пен Л. Хамидидің «Абай» операсындағы Айдардың ариозосына, Айдар мен Ажардың дуэтіне сазгердің шығармалары пайдаланылды. Ал ақын поэмаларының сюжеті еліміздің ақын-жазушыларының, композиторларының шығармашылығынан кең орын алғанын айтсақ артық болмас. Мысалы, «Қалқаман - Мамыр» балетіне, «Еңлік - Кебек» пьесасына, «Еңлік - Кебек» операсына Шәкәрім туындылары арқау болғаны барша жұртқа аян.