Микроорганизмнің биомассасын концентрлеу, сепарирлеу әдісімен жүргізіледі, үлкен көлемдегі қиын фильтрленетін суспензияны жоғарғы жылдамдықта өңдеуге мүмкіндік жасалады.
Сепарирлеу процесі флотирлеу процесімен салыстырғанда энергияның көлемі көлемді жұмсалады, сондықтан алдын ала флотирлеуге мүмкіндік жасайды, ол сепарирлеу сатысының санын қысқартады.
Культуралды сұйықтықты сепарирлеу алдында сұйылтуға немесе газдан тазарту үшін деэмульгирлейді. Культуралды сұйықтықты сепарирлеу үшін және культуралды сұйықтықтың бір қалыпты құйылуына мүмкіндік жасайды.
Деэмульгирлеу әр түрлі әдіспен іске асырылады: механикалық (флотаторда механикалық көбік сөндіру немесе флотирлеу сатысы болмаған кезде механикалық көбік сөндіру), химиялық (көбік сөндіруге химиялық заттарды қолдану) немесе табиғи (арнайы деэмульгаторлар) заттарды қолданады.
Сепарирлеу процесі ықшамдалған және өнімділігі жоғары сепаратор аппаратында жүргізіледі.
Биомассаны бөліп алу сепараторда ортадан тепкіш күштің әсерінен жүргізіледі. Сепаратордың жұмысшы құралы барабан болып табылады, оның ішінде табақты ұстағыш конусты табаққа бекітіледі. Табақтың сыртқы жағында қабырғасы бар, осының арқасында 0.8 мм саңылау пайда болады. Барабан ұршық білікке кигізілген. Сепаратордың осы құрылысының кемшілігі табақтардың арасындағы бос жерлеріне биомасса қалдығының тез толып қалатындығы. Сепаратордың жұмыс істеу ұзақтығы 12-24 сағатқа дейін созылады, содан соң барабанды ажыратып алып жуады.
Биотехнологиялық өндірісте дайын өнімді алдын ала концентрлеу әдісінде булау процесі кеңінен таралған. Кұрғақ затты концентрлеуде культуралды сұйықтықты булау 20-40 % жетеді. Негізінде биосинтездің дайын өнімін қыздырғанда (термолабильді) шыдамайды және 5-15 минутта 50-600С температурада белгілі бір дәрежеде инактивтеледі. Сондықтан буландыру процесі соңғы өнімінің биологиялық активтілігінің минимальді жоғалуын қамтамасыз ететін режимде жүргізіледі.
Әрбір өнімге сәйкес температурада буландыру аппаратына өнімнің келуі тәжірибелі жүйеде анықталады. Культуралды сұйықтықты буландыру үшін 70-800С температура қабылданады. Буландыру аппаратында сұйылуда мұндай температура қайнау температурасына жетеді. Буландыру көп корпусты немесе бір корпусты вакуум - буландырғыш қондырғыда жүргізіледі. Көп корпусты вакуум-буландырғыш қондырғыда культуралды сұйықтық бір аппарттан басқа аппаратқа тізбектеліп келіп, культуралды сұйықтық көп рет буландырылады. Буландыру аппараты төменде көрсетілген, төменгі ағымдағы принциппен жұмыс жасайды. Культуралды сұйықтық қабылдағыш бактан насоспен буландырғыштың жоғарғы бөлігіне беріледі, құбырдың жоғарғы жағында тордың бетінде біркелкі таратылады және құбырдың ішкі жағында жоғарыдан төмен қарай жұқа қабықша түрінде ағады.
