Оңтүстік Жетісу тау жүйесінің Сарышоқы мен Борохоро жоталары түгелдей дерлік Қытай жерінде жатыр. Қазақстан шекарасына таянған жерде Орқашар Барлық тауымен (3300 м) жалғаса отырып, Жайыр Майлы атты аласа жотаға ауысады. Осы жоталардың арасында кезінде тектоникалық козғалыстардан пайда болған үлкен аңғар бар. Ол кей жерлерде батпақты, қамысты, кей жерде құрғақ дала боп кетеді. Аңғар бойында үйінді тастар көп. Жергілікті халық оны қорым дейді. Осы аңғар аркылы Ебінұр көлінің қазаншұңқыры (Қытайда) Алакөл қазаншұңқырымен шектеседі. Осы алкап Жетісу (Жоңғар) қақпасы деп аталады. Ерте замандардан бастап осы қақпа арқылы Шығыс Еуропа мен Азияны, Қазақстанды жалғастырған Жібек жолы өткен, онымен Шыңғыс хан жаулаушылары, Жоңғар шапқыншылары жүрген. Жетісу Алатауының қазақстандык бөлігі осы қақпаның батысынан басталады да, батыска қарай Боротола өзеніне дейін Қытай-Қазақстан шекарасы бойымен созылады. Осы жерде Жетісу Алатауы асимметриялық құрылымдағы алып таулы жотаға айналады.
Жер бедері
Көксу өзенінің екі жағын алып жатқан Жетісу Алатауының солтүстік, оңтүстік жоталарының да өзара ерекшеліктері бар. Солтүстік жотаның ең биік нүктесі Бесбақан (биіктігі 4622 м), оңтүстік жотаның биік нүктесі Мұзтау (4370). Солтүстік Жетісу жотасы сатылап, солтүстік-шығысқа қарай аласарып, кең жазыққа айналады. Оның алғашқы сатысы - Тастау, Ақан жайлау, Қотыртас, Мыңшұңқыр жоталары (2800-3000 м). Бұлардың араларында тау аралық қысқа аңғарлар мен қазаншұңқырлар орналасқан. Оның ең ірісі - Ойжайлау қазаншұңқыры. Екінші саты Ойжайлаудан солтүстікке қараған Күнгей, Ешкіөлмес, Суықтay, Қарашоқы, Желдіқарағай тaу жүйелері (2000 м). Үшінші саты Шыбынды, Қарасарық, Қырықкөл (1500-1600 м) тау алды алқаптары, олардың солтүстік шығысына Текелі мен Сайқан таулары (1100 м), Баянжүрек, Қойтас, Малайсары жоталары да кіреді.
Оңтүстік Жетісу жотасының жер бедері де сатылы келеді, бірақ солтүстік жотаға қарағанда күшті тілімделген. Оның батысы мен оңтүстік батысында Итшоқы, Қотырқайың, Алтынемел, Суаттау тау алды жоталары орналасқан. Бұлар Іле өзені аңғарына жақындап келеді.
Солтүстік беткейдің жер бедері жазық, көлбеу келеді, тау қыраттарының төбесі тегіс. Тау қыраттарын бөліп жататын алаптары тік беткейлі, тілімделген, оңтүстік беткейлері құламалы. Солтүстікке қарағанда тау төбелері жазық емес, көтеріңкі.