Ортаның температурасы — микроорганизмдерге әсер ететін негізгі факторлардың бірі. Өсімдіктер мен жануарлардан микроорганизмдердің айырмашылығы — микроорганизмдер температураның өзгеруіне төзімді келеді. Мәселен, пішен таяқшасы +5 — 57°, көптеген сапрофит бактериялар +20 — 35° арасында тіршілік етуге бейімделген. Бірақ ауру қоздырушы паразит микроорганизмдердің басым көпшілігі тірі организмде, солардың дене қызуының шамасында + 35 —36°-та тіршілік етеді.Әр түрлі микроорганизмдер топтары үшін температураның үш нүктесі бар. Олар оптимальды, максимальды және минимальды температуралар.Оптимальды температурада микроорганизмдерге ең қолайлы жағдай туады. Бірақ көптеген спора түзуші микроорганизмдердің өніп-өсуі мен олардың спораларының түзуіне қажетті оптимальды температураға үнемі сәйкес келмейді. Мәселен, өсіп дамуы үшін +37° керек болса, олардың спора түзуге қажетті температурасы +31°. Минимальды температура — бұл тіршілікке қажетті температураның ең төменгі шегі. Ал температура бұдан төмендесе, микроорганизмдер тіршілік ете алмайтын болады. Максималды температура микроорганизмдер тіршілік ететін температураның жоғарғы шегі.Бұдан жоғарыласа микробтар тіршілік ете алмайды. Әдетте ортаның температурасы минималды жағдайдан төмендегенде микробтар кейбір жануарлардың қысқы ұйқыға кеткені тәрізді күйге душар болады. Мұны микробтардың анабиозы деп атайды.
Әр түрлі температураға бейімделулеріне байланысты барлық микроорганизмдерді