Орфография (жазу ерекшелігі 1920 жылға дейін жеке қарақалпақ жазуы болмады. 1924-1928 жылдар аралығында исламдық жәдитшілдіктің ағартушылық нышаны байқалып, қарақалпақ жазу жүйесі араб әліпбиі негізінде пайда болды. 1928-1940 жж. аралығында латын жазуы (Жаңәліп), одан әрі кирилл әліпбиі қолданылды. Орта Азия халықтары арасында қолданылған бірыңғай кирилл әліпбиінің болмауы қарақалпақ әліпбиін тағы да өзгеріске ұшыратты. 1945 жылы қарақалпақ кирилл жазуына мынадай жаңа әріптер енгізілді: ә, ң, ө, ў, ү. Өзбекстан тәуелсіздігін жарияланғаннан кейін, 1994 жылы латын әліпбиіне негізделген жаңа өзбек жазуы, оның артынша қарақалпақ тілі жаңа латын әліпбиі бекітілді. Қарақалпақ әліпбиіне соңғы өзгертулер мен толықтырулар 2009 жылы енгізілді. Бірақ күні бүгінге дейін ескі үлгідегі кириллдік жазу қолданылып келеді. Төмендегі кестеде үш әліпбидің және ондағы әріптердің Xалықаралық фонетикалық әліпби IPA-дағы белгіленуі көрсетілген.
