Биоинформатика Зертханалық сабақ 1

4. 
   Төмен жылжып, α -гемоглобин/ β -гемоглобин тізбегінің осы ұзын тізімін жарғанат түрінен іздеуге болады, бірақ іздеуді тарылту жылдамырақ болуы мүмкін. «Query (Сұрау)» тармағына оралып, «жарқанаттың альфа гемоглобині» немесе «жарқанаттың бета гемоглобині» деп теріп, «Search (Іздеу)» түймесін басыңыз. Осы іздеу нәтижелерін алған кезде жарқанат түрлері үшін альфа гемоглобин/бета гемоглобиннің қанша реттілігін алдыңыз? _______________________
   

5. 
   Протеин тізбегі үшін түспен бөлектелген «Accession number (Қосылу нөмірі)» батырмасын басу арқылы файлға сақтау үшін бір α-гемоглобин/ β-гемоглобин тізбегін таңдаңыз. Қосылу нөмірі - белок тізбегінің дерекқорлардағы анықталу және мұрағаттау әдісі. α-гемоглобин тізбегі жағдайында «Entry name (Жазба атауы)» ―HBA.І әріптерінен басталады. Барлық α-гемоглобиннің таңбалары ―HBA.І әріптерінен басталады.
   

6. 
   Ашылған бетте ол шыққан ағзаның таксономиясы сияқты реттілік туралы ақпарат болады. Беттің ортасында сіз аминқышқылдарының бір әріпті белгілеулерімен жазылған ақуыз тізбегін табатын «Sequences‖ (Тізбектер)» бөлімін көресіз. Мұнда сіз FASTA гиперсілтемесін таба аласыз. Бұл файлға реттілік туралы ақпаратты сақтаудың ең жақсы жолы, себебі бұл барлық компьютерлік іздеу бағдарламалары түсінетін реттілік форматы. FASTA сілтемесін басыңыз, сонда реттілігі бар бет шығады.
   

7. 
   Аминқышқылдарының тізбегін файлға көшіріңіз:
   

8. 
   Жарқанат альфа гемоглобин немесе β-гемоглобин реттілігі бар веб-бетке оралыңыз (веб-браузердегі «Back (Артқа)» түймесін екі рет басу сізді сол жерге апарады). Жарғанат α-гемоглобиннің басқа тізбегін анықтаңыз және файлыңызда FASTA форматты амин қышқылы тізбегін қаралап бөлектеу (Выделить) процесін қайталаңыз. Барлық FASTA форматындағы α-гемоглобин/ β-гемоглобин тізбектерін бір файлда бірге сақтаңыз.
   

9. 
   Екі жарқанат түрінен екі α-гемоглобин/ β-гемоглобин тізбегін сақтаған кезде, құс түрінен 2 реттілік және сүтқоректілерден 2 реттілік алу үшін қадамдарды қайталаңыз. Қай түрді таңдағаныңыз маңызды емес, тек құстың 2 түрі және сүтқоректілер 2 түрін алыңыз. Жарқанаттармен байланысты деп ойлайтын түрлерді таңдағыңыз келуі мүмкін. Егер сіз α-гемоглобин тізбегін іздейтін серіктеспен жұмыс істеп жатсаңыз, серіктесіңіз сіз таңдаған түрді іздеуі керек.
   

=> МАҢЫЗДЫ АҚПАРАТ: Егер сіз құстың β-гемоглобин тізбегін іздеуді «құс» кілт сөзімен шектейтін болсаңыз, іздеу «құс» сөзі пайда болатын ақуыз жазбаларын ғана табатынын ескеріңіз. Жазба басқа сипаттамалармен мұрағатталған болса, мысалы, «hawk» немесе «бүркіт» немесе «пингвин», сіз «құс» кілт сөзін пайдаланатын жазбаларды таба алмайсыз.

10. 
    Файлға алты α-гемоглобин/ β-гемоглобин тізбегін сақтаған кезде (екеуі жарқанаттардан, екеуі құстардан және екеуі сүтқоректілерден), http://www.genome.jp/tools/clustalw/ сайтына өтіңіз. CLUSTALW - бір уақытта көптеген реттіліктер арасындағы реттілік ұқсастықтарын іздеу және туралау аймақтарын көрсету үшін пайдалануға болатын компьютерлік бағдарлама.
    

11. 
    Бүкіл реттілік файлыңызды мәтіндік ұяшыққа көшіріңіз. ―>‖ белгісімен жалғасатын реттілік сипаттамалары белок реттіліктерімен бірге көшірілетінін ескеріңіз. Бұл іздеуде қиындық тудырмайды. Іздеу кезінде әдепкі параметрлердің ешқайсысын өзгертпестен, көк түсті «Execute Multiple Alignment (Бірнеше туралауды орындау)» жолағын басыңыз.
    

12. 
    Келесі бетте амин қышқылдарының бір әріпті белгілеулерін пайдаланып, SWISSPROT дерекқорынан алынған 6 ақуызға арналған аминқышқылдарының реттілігі көрсетіледі. Жұлдызша барлық 6 белокта кездесетін амин қышқылы бар орындарда аминқышқылдарының қатарының төменгі қатарында пайда болады. Бұл амин қышқылдары жоғары дәрежеде сақталған деп аталады, өйткені бұл түрлер ортақ атадан бөлініп шыққаннан бері олар өзгерген жоқ.
    

а. Туралауыңыздағы 6 α-гемоглобин/ β-гемоглобин тізбегінің барлығында қанша аминқышқылдары бірдей?_______________________

Молекуланың бір ұшы екіншісіне қарағанда көбірек сақталған ба? Өз бақылауларыңызды сипаттаңыз.

г. Ақуыздың консервіленген аймақтарында консервіленбеген аймақтарға қарағанда жиі кездесетін аминқышқылдары бар ма? Олай болса, олар қандай аминқышқылдары? Амин қышқылдарының бір әріптік белгісін декодтау үшін осы зертханалық жаттығудың соңындағы кестеге өтіңіз.

e. Егер сіз туралау есебінде жиірек сақталатын аминқышқылдарын тапсаңыз, бүйірлік топтары полярлы емес, полярлы немесе зарядты болды ма?

13. 
    
    
    жүктеу/скачать 32,88 Kb.
    
    Достарыңызбен бөлісу: