Модуляторлық гендер структуралық гендердің белсенділігін жоғарылатып немесе төмендетеотырыпбелсенділігінөзгертеді.Осыгендербелгініңдамуүрдісіндеәртүрлібағыттанемесебасқада генетикалық тұрғыда әсерін көрсетеді. Мысалы құрылымдық гендердің жиі мутацияғаұшырауында.
Басқа модуляторлық гендер әлбетте қандайда бір гентикалық қызметтерді төмендетеді. Мұндайгендер эволюцияда үлкен маңызы бар. Көптеген құрылымдық гендерге плейотропты әсердіңболуыағзалардыңқалыптыдамуыүшінқажет,әсердіңтөменболуыдаралардыңтіршілікқабілетінтөмендетеді.Модуляторлықгендеролардыңжағымсызәсерінәлсіретеді.
Сублетальдыгендер–ағзаныңкөбеюіұрпаққалдыруқабілетініңбұзылуына,тіршілікәрекеттерініңтөмендеуіне не жойылуына себепболатынгендер
Нейтральды гендер немесе бейтарап гендер ағзаның тіршілік қабілетіне әсері жоқ гендерДНҚ-ның құрамында едәуір ұзындықты алып жатқан қайталанып орналасқан нуклеотидтікжүйелер болады. Ол учаскелерде нуклеотидтердің ондаған, жүздеген, тіпті мыңдаған көшірмелерікездеседі.Бұлкөшірмелердіңқызметіәлітолықанықталмаған.
