Государственный совет сохранил значение высшего законосовещательного учреждения и прежнее организационное устройство. Особенно велика его роль была подготовке и проведении реформ 60-х – 70-х гг. XIX в. отчасти потому, что председателем Совета в 1865-1881 гг. являлся брат Александра II великий князь Константин Николаевич, возглавлявший группировку либеральной бюрократии.
В последней четверти XIX в., в связи с установившейся практикой назначать членами Государственного совета ушедших или отправленных в отставку высших чиновников, стало наблюдаться геронтократическое перерождение состава Государственного совета, что негативно сказывалось на его деятельности.
Другим высшим законосовещательным и административным учреждением являлся Комитет министров. Он был более узким по составу органом. В его ведении находились дела по всем вопросам министерского управления, об учреждении акционерных обществ, по надзору за деятельностью государственного аппарата. В 60 – 80-х гг. к Комитету министров был присоединен ряд высших комитетов: Сибирский, Еврейский, Западный, Комитет железных дорог, Комитет по делам Царства Польского и др. В 80 - 90-х гг. XIX в. Комитет министров активно вторгается в сферу компетенции Государственного совета. Из-за противодействия последнего некоторым правительственным мероприятиям эпохи контрреформ министры предпочитали вносить законопроекты в Комитет министров, откуда они, минуя Государственный совет, поступали непосредственно к императору.
В ходе осуществления буржуазных реформ был создан новый высший правительственный совещательный орган – Совет министров (1861 – 1882 гг.). Председателем Совета был император. Ему принадлежало право внесения в повестку дня любых вопросов. Созывался Совет также по его распоряжению. Членами Совета министров являлись председатель Комитета министров, председатель Государственного совета, министры, главноуправляющие. В отличие от Комитета министров, в ведении которого находились текущие административные дела, Совет министров определял важнейшие направления внутренней политики, рассматривал годовые отчеты министров, их предложения о реформах. Иногда проекты сразу утверждались императором и получали силу закона. В начале 80-х гг. Совет министров фактически прекратил работу.
Сенат сохранил значение высшего органа суда и надзора, но в ходе осуществления судебной реформы 1864 г. его апелляционные департаменты упразднялись. К концу XIX в. остались только два апелляционных департамента – один по уголовным и один по гражданским делам, которые в 1898 г. были объединены вместе с Межевым департаментом в Судебный департамент Сената. В 1866 г. были открыты кассационные департаменты -Уголовный и Гражданский, рассматривавшие жалобы и протесты по поводу нарушений порядка судопроизводства. Первый департамент Сената сохранил функции надзора за местным управлением и судом, обнародования и толкования законов. Вместе с тем, реорганизация местного управления снизила потребность в сенатских ревизиях, их за пореформенный период было проведено всего 20. В 1884 г. в Сенате был создан Второй апелляционный департамент, называвшийся крестьянским, так как рассматривал жалобы на губернские по крестьянским делам присутствия.
В 1872 г. было учреждено Особое присутствие Сената – высший суд по политическим делам; в 1885 г. в составе Сената образован Высший дисциплинарный суд, который в обход принципа несменяемости судей получил право устранять неугодных судей.
Радикальным преобразованиям подверглась Собственная Егоимператорского Величества Канцелярия. Пятое и Шестое отделения изначально создавались как временные и прекратили существование по мере выполнения своих задач. В 1880 г. было упразднено Третье отделение, а его функции переданы Департаменту государственной полиции, образованному в составе Министерства внутренних дел. В 1882 г. Второе (кодификационное) отделение было передано в ведение Государственного совета, а Четвертое – преобразовано в самостоятельный высший орган – Собственную Е. И. В.канцелярию по учреждениями императрицы Марии. Таким образом, с 1882 г. в системе высшего государственного управления стали действовать две императорские канцелярии.