Бактериялардың кең таралуы қоректену типтерінің әрқилылығына байланысты. Микроорганизмдер көмірсуды, азотты, күкіртті, фосфорды, калийді және т.б. элементтерді қажет етеді. Бактериялардың қоректенуі үшін көміртегі көзіне байланысты бөледі:
аутотрофтар (грекше autos - өзі, trophe -тағам) - өзінің жасушасын құрастыру мақсатында диоксид көміртегі (СО2) мен басқа да бейорганикалық қосылыстарды пайдаланады.
гетеротрофтар (грекше heteros - басқа, trophe -тағам) – дайын органикалық қосылыстармен қоректенеді.
Қоршаған ортадағы өлген организмдердің органикалық қалдықтарын ыдырататын гетеротрофтарды сапрофиттер деп атайды. Адам мен жануарда ауру туғызатын гетеротрофтарды патогенді және шартты-патогенді деп бөледі.
Бактериялардыңтынысалутүрінеқарайжіктелуі.
Тыныс алу кезінде тотығу және тотықсыздану процестері жүреді: тотығу – донорлардың (молекулалар немесе атомдар) сутегіні немесе электрондарды беруі; тотықсыздану – акцепторға сутегінің немесе электронның байланысуы. Сутегі мен электрондардың акцепторлары молекулярлы оттегі (мұндай тыныс алу аэробты деп аталады) немесе нитрат, сульфат, фумарат (мұндай тыныс алу анаэробты деп аталады – нитратты, сульфатты, фумаратты) болуы мүмкін.
Анаэробиоз (грекше aer-ауа+bios - өмір) – бос оттегінің қатысуынсыз жүретін тіршілік қызметі.
Егер сутегінің доноры мен акцепторы органикалық қосылыстар болып табылса, онда мұндай процесті ашу деп атайды. Ашу кезінде органикалық қосылыстардың, көбіне көмірсулардың анаэробты жағдайда ферментативті ыдырауы жүреді.
Молекулярлы оттегі бойынша бактерияларды үш негізгі топқа бөлуге болады: облигатты, яғни міндетті түрдегі аэробтар, облигатты анаэробтар және факультативті анаэробтар.