Біріншісі – шағын кешенді мектептерде кадрлардың тұрақталмауы. Оған ең бірінші себеп – жүктеменің жеткіліксіздігі. Маман иесіне алған мамандығы бойынша толық жүктемемен еңбек етуге мүмкіндіктің жоқтығы, бір пәннен ғана емес, бірнеше пәннен сабақ беруге тура келетіндігі. Тәжірибелі, білімді ұстаздар аудан орталығындағы мектептерде қалып, шағын кешенді мектептерге келмейді. Келген күннің өзінде бірер жылдан кейін өз еліне немесе орталыққа кетіп қалады. Әрбір аудан орталықтарында шағын кешенді мектептер қиындығын, олардың жетістіктері мен кемшіліктерін саралап, шығармашылықпен еңбек ететін мұғалімдерге, басшыларға бағыт-бағдар беріп отыратын жетекші маманның болуы да мұндай қиындықтарды жеңілдетуге мүмкіндік береді.
Екінші бір қиындық шағын кешенді мектепте мұғалім әр түрлі жастағы оқушыларды оқытатындықтан бірнеше деңгейдегі бағдарламамен жұмыс істеуде. Мысалы, бастауыш сыныптарда 1-сынып пен 3-сынып, 2-сынып пен 4-сынып біріктіріліп оқытылады.Міне, осындай жағдайда мектеп мұғалімдері үлкен қиындықтарға тап болады. Берілген оқу бағдарламасы мен әрбір сыныпты бөлек оқыту мен біріктірілген сыныптарды оқытудың арасындағы қиындықтар қаншама десеңізші? Сондықтан, шағын кешенді мектептерде оқу бағдарламасына өзгерту енгізу қажет сияқты.
Шағын кешенді мектеп жұмысын қиындадатын, оқушылардың білім дәрежесін төмендететін бірнеше объективтік ерекшеліктер бар.
Бір мезгілде бірнеше сыныппен жұмыс істейтін шағын кешенді мектепке арналған оқыту әдістемесінің жасалмауы.
Шағын кешенді мектептердің кітапханалық қорының нашарлығы.
ШЖБМ мұғалімдерінің жұмысындағы қиындықтарға қарамастан, республикамыздың мұғалімдері оқушыларды екінші жылға қалдырмай, толық үлгеріммен жұмыс істеп, оқушыларға терең және берік білім беріп, олардың өз бетімен жұмыс істеу дағдыларын қалыптастыруда.
Қорыта келе, болашақ шағын комплектілі мектептің қабырғасы берік, еңсесі биік болуы – біздің бүгінгі еңбегімізге байланысты. Сонымен, Жұбан ағайымыздың:
Барлық үйдің мектеп неге сұлуы? Барлығынан неліктен ол жылуы? Бөбектерді мәпелейді ол неге? Қадірлейді халық не үшін бұл үйді? – деп жырлауға лайық шағын
комплектілі мектеп тұрғыза алсақ – ұрпақ алдындағы, заман талабына сай міндетімізді атқарамыз.