Ақуыздардың химиялық қасиеттері Ақуыз молекуласының амин қышқылы мен құрылымы оның қасиеттерін анықтайды. Ақуыздар аминқышқыл радикалдарымен анықталатын негізгі және қышқылдық қасиеттерді біріктіреді: ақуыздағы қышқыл аминқышқылдары қаншалықты көп болса, соғұрлым оның қышқылдық қасиеттері айқын болады. Н + беру және бекіту мүмкіндігі белоктардың буферлік қасиеттерін анықтайды; ең күшті буферлердің бірі - қанның рН-ны тұрақты ұстап тұратын қызыл қан клеткаларындағы гемоглобин. Еритін белоктар бар (фибриноген), механикалық функцияларды атқаратын ерімейтін ақуыздар бар (фиброин, кератин, коллаген). Онда химиялық белсенді емес белоктар бар (ферменттер), химиялық белсенді емес, әртүрлі экологиялық жағдайларға төзімді және өте тұрақсыз.
Сыртқы факторлар (қыздыру, ультракүлгін сәуле, ауыр металдар мен олардың тұздары, рН өзгерісі, сәулелену, сусыздандыру) ақуыз молекуласының құрылымдық ұйымдастырылуын бұзуға әкелуі мүмкін. Берілген ақуыз молекуласына тән үш өлшемді конформацияны жоғалту процесі денатурация деп аталады. Денатурацияның себебі ақуыздың белгілі бір құрылымын тұрақтандыратын байланыстардың үзілуі болып табылады. Бастапқыда ең әлсіз байланыстар жыртылады, ал жағдай күшейтілген кезде, мықтылар да бұзылады. Сондықтан, алдымен Төрттік, содан кейін Үштік және қайталама құрылымдар жоғалады. Кеңістіктік конфигурацияның өзгеруі ақуыздың қасиеттерінің өзгеруіне әкеліп соғады, нәтижесінде белоктың биологиялық функцияларын орындауға мүмкіндік бермейді. Егер денатурация бастапқы құрылымның бұзылуымен қатар жүрмесе, онда ол қалпына келуі мүмкін, бұл жағдайда ақуызға тән конформацияның өзін-өзі емдеуі жүреді. Мұндай денатурация, мысалы, мембрана рецепторларының ақуыздары. Денатурациядан кейін ақуыз құрылымын қалпына келтіру процесі ренатурация деп аталады. Егер ақуыздың кеңістіктік конфигурациясын қалпына келтіру мүмкін болмаса, денатурация қайтымсыз деп аталады.
Ақуыздардың амфотеректілігі (молекулалардағы қышқылдық және негізгі қасиеттердің болуы) олардың молекулаларында бос карбоксил топтарының (қышқыл топтар) және амин топтарының (негізгі топтардың) болуына байланысты. Бұл топтар аминқышқыл радикалдарының құрамына кіреді және жоғарыда айтылғандай, пептидтік байланыстардың түзілуіне қатыспайды. Ақуыздардың қышқылдық немесе негізгі қасиеттерінің көрінісі ортаның қышқылдығына байланысты.
Қышқыл ортада (рН <7) сутегі иондарының (протондардың) көп болуынан карбоксил топтарының диссоциациясы тоқтатылады. Еркін амин топтары артық протондарға оңай қосылып, протондалған формаға өтеді.
Осылайша, қышқыл ортадағы ақуыздар негізгі (сілтілі) қасиеттерді көрсетеді және катион түрінде болады (олардың молекулалары оң зарядталған).
Сілтілі ортада (рН> 7) гидроксил иондары (OH-) басым, сутегі иондары аз. Бұл жағдайда карбоксил топтарының диссоциациясы оңай жүреді, амин топтарының протонизациясы іс жүзінде болмайды:
Сондықтан сілтілі ортада белоктар қышқылдық қасиетке ие және анион түрінде болады (олардың молекулалары теріс зарядталған).
Алайда белгілі бір қышқылдықпен ақуыз молекуласында диссоциацияланған карбоксил топтары (-COO-) және протондалған амин топтары (-NH3 +) бірдей болуы мүмкін. Мұндай ақуыз молекуласында заряд болмайды және бейтарап.
Белок молекулалары бейтарап болатын рН мәні ақуыздың изоэлектрлік нүктесі деп аталады және pI немесе pHiet арқылы белгіленеді.Әр белок үшін изоэлектрлік нүктенің қатаң анықталған мәні бар.