Қалыпты жағдайда өсімдіктердің бетінде дамитын микроорганизмдерэпифиттерге жатады. Олар өсімдіктерге зияндылық көрсетпейді, кейбір фитопатогенді микроорганизмдердің антагонисі болып табылады, өсімдіктердің иммунитететін күшейтуге қатысады.
Эпифитті микрофлораның көпшілігін Грам теріс таяқша тәрізді бактериялар Erwinia herbicola, және Pseudomonas fluorecsens, Bacillus mesentericus сияқты бактериялар мен саңырауқұлақтар табылады.
Эпифитті микроорганизмдер
Өсімдік микрофлорасының құрамы өсімдіктің түріне, жасына, топырақ типі мен қоршаған орта температурасына байланысты.
Микроорганизмдер өсімдіктердің жапырақтары, сабақтарында ғана емес, тұқымдарында да кездеседі. Өсімдіктердің беткейі мен тұқымының бұзылуы, онда көп мөлшерде шаңдар мен микроорганизмдер жиналуы себепкер болады.
Ризосфера микроорганизмдері
Топырақта, өсімдіктер тамырының маңайында микроорганизмдердің маңызды мөлшері орналасады. Бұл аймақ ризосфера деп аталады, көбіне спора түзбейтін бактериялар (псевдомонадалар, микобактериялар және т.б.) және де актиномицеттер, спора түзетін бактериялар мен саңырауқұлақтар кездеседі.
Ризосфера микроорганизмдері әртүрлі субстраттарды өсімдіктерге тиімді қосындыларға айналдырды, биологиялық белсенді қосындылар (витаминдер, антибиотиктер т.б.) синтездеп, өсімдіктермен өзара симбионтты қатынасқа түседі және фитопатогенді бактерияларға қарсы антагонистік қасиетке ие болады.
Бактериоздар
Бактериялар қоздыратын ауруларды бактериоздеп атайды. Бактериоз қоздырғыштарының арасында псевдомонадалар, микобактериялар, эрвиниилер, коринабактериялар, агробактериялар және т.б. кездеседі.