"фараби əлемі" атты халықаралық ғылыми конференция материалдары
ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ miRNA С mRNA ОРТОЛОГИЧНЫХ ГЕНОВ E2F2
жүктеу/скачать 2,79 Mb. Pdf көрінісі
|
| ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ miRNA С mRNA ОРТОЛОГИЧНЫХ ГЕНОВ E2F2
Айсина Д., Каби К., Ким А. al-Farabi Kazakh National University dana.aisina03@gmail.com miRNA представляют собой короткие (19-23 нуклеотида) однонитевые некодирующие эндогенные молекулы RNA. Ген E2F2 является членом семейства E2F, играющий решающую роль в контроле клеточного цикла. Белок E2F2 содержит несколько эволюционно консервативных доменов, встречающихся у большинства членов семейства. Нуклеотидные последовательности mRNA генов человека и животных были взяты из GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). miRNA взяты из miRBase (http://mirbase.org). Поиск генов мишеней для miRNA проводили по программе MirTarget. Для каждого сайта рассчитывали отношение ΔG/ΔGm (%), где ΔGm равно свободной энергии связывания miRNA с полностью комплементарной нуклеотидной последовательностью. В mRNA гена E2F2 у ортологов сайты связывания для miR-1-875-3p, miR-760, miR-4539 находились в CDS, для miR-2- 4804-5p, miR-10-25954-5p, miR-17-34996-5p, miR-1273g-3p, miR-5684 сайты связывания с mRNA находились в 3’UTR. В mRNA гена E2F2 у 23 видов млекопитающих сайт связывания miR-1-875-3p располагался в CDS c энергией взаимодействия -115 kJ/mole, с величиной ΔG/ΔGm равной 90%. В mRNA гена E2F2 у 25 видов млекопитающих сайт связывания miR-760 располагался в CDS. Энергия взаимодействия изменялась от -104 kJ/mole до -106 kJ/mole и величина ΔG/ΔGm варьировала от 91% до 93%. У H.sapiens, G.gorilla, N.leucogenys, P.abelii, P.paniscus, P.troglodytes сайт связывания для miR-2-4804-5p располагался в 3'UTR с величиной ΔG/ΔGm равной 90% и энергией взаимодействия - 113 kJ/mole. Для miR-17-34996-5p сайт связывания располагался в 3'UTR с величиной ΔG/ΔGm изменявшейся от 88% до 90%, с энергией взаимодействия от -108 kJ/mole до -110 kJ/mole. Для miR- 1273g-3p сайт связывания располагался в 3'UTR с величиной ΔG/ΔGm от 91% до 96%, с энергией взаимодействия от -106 kJ/mole до -113 kJ/mole. Для miR-5684 сайт связывания располагался в 3'UTR с величиной ΔG/ΔGm равной от 88% до 92%, с энергией взаимодействия от -96 kJ/mole до -98 kJ/mole. Полученные данные показывают высокую степень постоянства структуры и функций ортологичных генов E2F2 в процессе эволюции. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей помог идентифицировать высокое эволюционное родство в гене E2F2 у человека и ортологов. Научный руководитель: д.б.н., профессор Иващенко А.Т. жүктеу/скачать 2,79 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|