8. Екінші реттік құрылым, құрылым нәруыздың қандай қасиетін, анықтайды бұл, құрылымды қамтамасыз ететін байланыс түрлері. Екінші реттік құрылымы екі полинуклеотид тізбектің ширатылып, қос спираль түзуі. Тұрақтандыратын байланыстар:
сутектік байланыс – ДНҚ-ның қарама-қарсы орналасқан тізбектеріндегі комплементарлы негіздер арасында:А₌Т (2 сутектік байланыс), Г₌Ц (3 сутектік байланыс);
ван-дер-Ваальс күштері – бір тізбектегі азотты негіздер арасында,
электростатикалық әрекеттесу (иондық байланыс) –“–” зарядты ДНҚ тізбегі мен “+” зарядты гистонның арасында.
Екіншілік деңгейдегі ДНҚ молекуласының қос спиралінің аралығында сутектік байланыстар үзіліп, екі ойыс (кіші және үлкен) пайда болады, бұл ойыстарға белок, дәрілік заттар орналасады. Екінші реттік құрылымдағы ДНҚ молекуласы 3 формада бола алады: А, В, С.
Негізгісі (тұрақтысы) – В-формасы, спиралінің қадамы 3,4 нм, осы қадам бойына 10 жұп нуклеотид орналасады. Негіздер бір жазықтықта, яғни негізгі оське 900С бұрыш жасап орналасады.
Гидраттану дәрежесі 75%. А және С формалары – тұрақсыз.
9.Үшінші, төртінші реттік құрылымдары, құрылым нәруыздың қандай қасиетін, анықтайды бұл, құрылымды қамтамасыз ететін байланыс түрлері. Полипептидтік тізбек екіге бүктелгенде, шарпішінді форма түзіледі. Бұл кезде құрамында S атомы бар аминқышқылы цистеин радикалдарының арасында байланысқа түседі. Бұл байланыс әлсіз (гидрофобты), бірақ молекулалардың тағы да бүктеліп шумақталуының нәтижесінде беріктігі арта түседі.
Мұны нәруызмолекуласының үшінші реттік құрылымы немесе S=S байланыс дейді. S=S байланыс сутектің байланыспен салыстырғанда әлсіздеу, бірақ оралым көбейген сайын радикалдар бір-бірімен жабысып, молекуланың белсенділігі арта түседі де, осыдан төртінші реттік құрылым пайда болады.
10. Денатурация және ренатурация. Денатурациялаушыагенттер. Белок денатурациясы– әртүрлі тұрақсыздандыратын факторлардың әсерінен белок молекуласының нативті конформациясының өзгеруі. Белоктың аминқышқылдарының реті өзгермейді. Бұл белоктардың табиғи қасиеттерін (ерігіштік, гидрофильдік және т.б.) жоғалтуына әкеледі.
Ренатурация — табиғи қасиетін жойған биополимердің (мысалы ақуыз немесе нуклеид қышқылдарының) қайта қалпына келуі. Денутурацияда белок молекулалары тығыз ретті жинағынан ретсіз қалыпқа айналады. Ал ренатурацияда ол реттілік пен жинақылық орнына келеді, өйткені аминқышқыл қалдықтары арасында бұрынғыдай байланыстар пайда болады. Сондай-ақ осыған ұқсас нуклеотидтер арасындағы сутектік байланыстардың үзілуінен табиғи қасиеттерін жойған ДНҚ, температураны біртіндеп өзгерту әдісімен (ДНҚ-ын «ендеу») қалпына келтіріледі. Бұл жағдайда сутектік байланыстар қайта құрылады. Ренатурация кезінде биополимерлердіңекінші және үшінші сатылы құрамдары қайтадан орнына келеді, ал ренатурацияның дұрыс жүруі молекуланың бірінші сатылы құрамына байланысты.
Жылыту немесе рН мәнінің айтарлықтай өзгеруі сияқты сыртқы жағдайлардың кез келген байқалатын дерлік өзгеруі белоктың төрттік, үшінші және қайталама құрылымдарының тұрақты бұзылуына әкеледі. Әдетте денатурация температураның жоғарылауынан, күшті қышқылдар мен сілтілердің, ауыр металдардың тұздарының, кейбір еріткіштердің (спирт), сәулеленудің және т.б. Денатурация көбінесе белок молекулаларының коллоидты ерітіндісіндегі белок бөлшектерінің үлкенірек бөлшектерге агрегациялану процесіне әкеледі. Көрнекі түрде бұл, мысалы, жұмыртқаны қуыру кезінде «ақуыздың» пайда болуы сияқты көрінеді.
