Санитарлық микробиология - ғылым, қоршаған ортаның микрофлорасын зерттейді (патогенді бактериялар мен вирустар) және олардың адам ағзасына тигізетін әсерін зерттейді. Топыраққа түскен адам мен жануарлардың қалыпты микрофлорасы, сонымен қатар, патогенді микроорганизмдер әдетте ұзақ өмір сүрмейді. Дегенмен, адамның қалыпты микрофлорасы өкілдері топырақ биоценозы құрамына қосылуға қабілетті. Ал бөлек түрлері тұрақты мекенетушілері болып қала береді. Осыған байланысты, топырақтан табылған адам менжануарлардың қалыпты микрофлорасы осы биотоптың ластанғанының белгісі. Мұндай микроорганизмдерді санитарлық - көрсеткіштік микроорганизмдер деп атайды. Санитарлық - көрсеткіштік микроорганизмдер (СКМ) - қоршаған ортаның, СКМ-нің түсу жолымен түсіп отыратын, патогенді микроорганизмдермен жанама ластануын көрсететін өзіндік индикаторлар. Санитарлық көрсеткіш микроорганизмдердардың едәуір ақпараттық тобына ішек таяқшалары бактериялары жатады (ITТБ). Оған жұқпалы ауруларды (титария және т.б.), тағамнан улануды (Saimonella туысының кейбір бактериялары) туғызатын микроорганизмдер және адам мен жануарлардың ішегіндегі тұрақты қалыптысы - ішек таяқшасы (Escherichia) мен оның түрлері жатады. Ішек таяқшасы - барлық аталған микроорганизмдер ішінде санитарлық көрсеткіш болып есептеледі. Себебі, олардың қоршаған ортада өзгеріссіз сақталу мерзімі патогенді микроорганизмдердің тіршілік мерзімдерімен сәйкес келеді. Сонымен қатар, ішек таяқшаларын анықтау әдістері де тиімді болып табылады. Ішек таяқшалары тобының бактерияларының бөлек туыстарының санитарлық - көрсеткіштік мәні бірдей болмайды. Escherichia туысы бактерияларының тағам өнімдерінде, суда, топырақта, жабдықтарда табылуы бұл объектілердің жуық арада фекальді ластанудың болуының көрсеткіші. Ол үлкен санитарлық және эпидемиологиялық мәнге ие. Citrobacter мен Enterobacter туысының бактериялары едәуір ескі фекальді ластану көрсеткіші болып табылады. Сондықтан олардың санитарлық - көрсеткіштік мәні Escherichia туысының бактерияларына қарағанда төмен шамаға тең болады.