Грам әдісін алғаш рет 1884 ж. Дания ғалымы X. Грам (Ch. Gram), ұсынған. Алғашында ол маталарды бояумен айналысса, кейіннен оны бактериялар үшін қолдана бастады.
Осы әдіспен боялу және боялмауына байланысты микробтарды Грам оң, Грам теріс деп екігебөлді. Мұндағы грамоң эубактериялардың клетка қабықшасы біртекті, гомогенді тығыз қабат құрайды. Қалыңдығы 20-дан 80 нм-ге дейін. Грамтеріс эубактериялардың клетка қабықшасы көпқабатты. Ішкі тығыз қабат 2-3 нм, ол пептидогликаннан тұрады.
Микроб клетка қабықшасында бояуды орнықтыратын негізгі ерекше зат глокопротеид – пептидогликан немесе мурейн заты болады. Грамоң эубактериялардың клетка қабықшасының негізгі бөлігін 70-80 пайызын, ал грамтеріс бактерияларда 10-20 пайызын пептидогликан құрайды.
Циль-Нильсон әдісі қышқылға төзімді микроорганизмдерді бояуға негізделген.Қышқылға төзімді микроорганизмдер бейорганикалық қышқылдарға, спиртке, сілтіге айтарлықтай тұрақтылық байқатады. Олардың осындай қасиеті жасуша қабырғасында және цитоплазмасында липидтердің көп болуымен (май балауызды заттар) байланысты. Микобактериялар қарапайым бояуларды дұрыс қабылдамайды, сондықтан жылытылған концентрирленген бояулар ертінділері қолданалады. Бояу барысында микробтық жасушаларды қышқылмен өңдегенде, олар алғашқы бояуын жоймайды. Осы қасиеті бойынша басқа қышқылға тұрақсыз бактериялардан ажыратуға болады.
Бурри-Гинс бояу әдісібактериялардағы капсуланы анықтауда жиі қолданылады. Кейбір микробтар өзінің термо қабығының беткейіне мықты кілегейлі қабат түзе алады,оны капсула да капсула құрамына негізінен полисахаридтер,ал кейбірінде олар полилипидтер (сібір түйнемесі таяқшасы) кіреді. Капсула консистенциясы гель тәрізді болады, сондықтан тірі бактерияны микроскоптау кезінде ол нашар көрінеді. Олардың табу үшін негативті бояуды қолданады. Аталған барлық бояу түрлері позитивтерге жатады, яғни олармен бояғанда микроб торшалары боялады. Негативтік әдісте бояу бактерия айналасындағы кеңістікті толтырады, осының нәтижесінде олар қара алаңдағы жарық бөлшектер түрінде көрінеді.
Сонымен қатар волютин қосындыларын, жіпшелерді бояу үшін Нейссер бояу әдісі,спораларды бояуға Ожешко әдісі және Леффлер бояу әдістері қолданылады.
