Антибиотик микроорганизм қабырғасынан өте алмайды, мысалы, көбісі грамм – теріс бактериялар жасуша қабырғасынан қосымша қабықпен қапталған.
Микроорганизм антибиотикті активті емес формаға ауыстыруға қабілетті, мысалы, стафилококктар В-лактамаза ферменті арқылы көптеген пенициллиндердің В-лактамды сақинасын бұзады.
Гендік мутация әсерінен көптеген микроорганизмдердің зат алмасуы антибиотиктердің биохимиялық реакциясын бұзу қасиетіне ие.
Бүгінгі күні ғалымдар антибиотиктерді балаларға ерте жастан беретін болса алдағы уақытта соның салдарынан салмағы ұлғайып, май басуға ұшырайтындығын дәлелдеп отыр. Зерттеушілер антибиотиктер ішек жолдарының бактериялар құрамына кері әсер етіп, ағзаның дамуын өзгертеді дейді.
