Жеке әріп-фонемалар емлесі туралы. Жобадағы өзгеріc- қазіргі қазақ графикасының басты проблемасы-қосар әріп (ұу, үу, ый, ій) таңбаларының дара таңбаға ауыстырылуы болды. Қ.Жубановтың көзі тірісінде қабылданбаған жоба 1956 ж. М.Балақаевтың ұсынуымен ірі ғалымдардың кұп көрмегеніне қарамастан жүзеге асқаны белгілі.
Қ.Жубанов кұлаққа шалынғанның бәрі таңбаға ие болмайтынын парықтап, бір таңбамен мағына ажырататын екі фонеманы да беруге болатынын көрсеткен. Қ. Жубановтын айтуынша, дауыссыз ,дыбыстар жеке бөліп айтуға келмейді. Б әрпін не бы, не ыб, р әрпін не ыр, не ры деп айтамыз. Қазақ тілін әлі дыбысшыл кезеңге түгел жетіп болмаған, буыншыл қасиеттерін түгелімен жойып бітірмеген тіл деп табады ғалым.
Сонымен қатар Қ,Жубановтың "буын жігін айыртуды есепке алма. Қандай жаздуда да буын жігін таптыру методикасын шыгартып алуға болады" деген сөзі буын ауызша тілдің бірлігі, тасымал жазба тілдің бірлігi екенін аңгарғанын білеміз. Оны буынның кірігyіне келтірген мысалдарынан байкауға болады: атене, агеке, жақсат деген сездер- айтылу нормасына сай буынға бөлінгендер. Автор дауысты дыбыс таңбаларын мағына айырудан бөтен, көбінде буынның жуан-жіңішкелігін көрсететін қарақшы деп таниды.
Бугінгі қазақ орфографиясындағы бір қиындық скінші буындағы ә әрпінің жазылуы болса, Қ.Жұбанов оны: "Көп буынды түбірдің соңғы буынындағы дауысты дыбыстың а-ә екені дүдамал болса, немесе дүдамал болмай-ак, анык ә дыбысы болса да , қосымша жуан түбірге жалғанғандағыдай жуан айтылады да, бір келетін косымшаларда а, к. г да, а мен е, к мен қ, ғ мен г жазылады. Оңайлық үшін ондай түбірдің соңғы буынына да ә жазылмай, а жазылады: кітапқа (кітәпке емес)" деп шешкен.
Сөйтіп, А.Байтұрсынұлы жазуда лингвалды үндесім кұбылысын таңбалау арқылы және артықшылық беру арқылы тілдің ерекшелігін айқындаса, Қ.Жубанов тілдің қысаң емес, ашық сипатын, жінішке емес жуан сипатын таңбалауды дұрыс көрді.
Бұл кағида қазақ жазуының бүгінгі проблемасына қатысты. Eмле сөздігінің 1964 ж. басылымы бұл қатарды Қ.Жұбановтың пікіріне сүйеніп, күшала, дүдамал, ділда, күнә, кінә сияқты сөздерді а-мен таңбалады. Кейін жазу практикасы мен сөздік арасында қайшылық туған соң, алдыңғысы ескеріліп, кейінгі басылымдары ә-мен қалыптандыра бастады. 2001 ж. сөздік тек барыс жалғауын ғана жуан вариантта, басқа қосымшаларды жіңішке формада жалғауды ұсынды.