Ғылыми теорияның құрылымын зерттеуге кірісерде оның мазмұндық және формальдық жақтарын да ескеру қажет.
Мазмұны жағынан теория – ең алдымен, эмпирикалық базистен, атап айтқанда, тәжірибелер барысында анықталған және теориялық түрде қорытындылауды қажет ететін білім фактілерінің жиынтығынан; теорияның логикалық аппаратынан, яғни теория шеңберінде қарастырылатын қорытындылар мен дәлелдемелерден; теорияның өзінен, яғни дәлелдерімен қоса алынған тұжырымдамалардан тұрады.
Дегенмен теорияны талдаудың формальды жағы да қызықты. Бұл жағдайда теория объектіге постулаттар, аксиомалар, жалпы заңдар түрінде анықтама береді. Олар көбінде басқа теориялардың терминдері арқылы анықталып, дәлелдеуді қажет етпейтін аксиомалар түрінде болады.
Теорияның өзіндік негіздеріне логикалық тұрғыдан оның қалған терминдерімен сөйлемдерді толықтырып тұратын негізгі термин сөздер мен сөйлемдер жатады.
Сонымен қатар, теорияның қосымша негіздері де бар. Олар бірнеше топқа бөлінде:
1) Семиотикалық негіздер – теорияның тілін қалыптастыру ережелері. Көптеген ғылыми теориялар табиғи тілді (біз өзіміз қолданып жүрген) қолданады, ал кейбір теориялар үшін формальды тілді (мысалы компьютерлік бағдарламалардың тілдері) қолдану қолайлырақ болады.
2) Методологиялық негіздер – сол ғылым пайдаланатын әдістемелер. Олар басқа теориялардан, ғылымдардан алынуы мүмкін.
3) Логикалық негіздер – бұл теория терминдерін сөйлемдерін логикалық түрде жүйелеу.
Қазіргі теориялар көпке әйгілі «аристотельдік» логиканы ғана пайдаланып қоймайды, сонымен қатар көптеген классификациялық емес логикаларды да қолданады.
Прототеориялық логикалар – бұлар белгілі бір теорияның негізі болып саналатын теориялар негізі болып саналатын теориялар. Мысалы, физика үшін математика, ал жалпы жаратылыстану философиясы үшін – барлық жеке жаратылыс ғылымдары тағы басқа.
Философиялық негіз – теорияны негіздеуге, оның мәселелерін шешуге арналған философиялық принциптер мен категориялар. Философиялық негіздер белгілі бір ғылымның жаңалануына және негізгі мәселелерін шешуге көмектесуі тиіс.