Кенжебаева Сəуле Сағындыққызы биотехнологиядағЫ Қазіргі əдістер
Қайталанатын ДНҚ мен реассоциация кинетикасы
жүктеу/скачать 5,04 Mb. Pdf көрінісі
|
| 3.13. Қайталанатын ДНҚ мен реассоциация кинетикасы
Молекуларлы гибридизация əдісінің негізінде реассоциация кине- тикасы немесе реассоциация жылдамдығын өлшеу жатады. Бұл əдісті Рой Бриттен мен Дэвид Кон алғаш рет қолданған. Алдымен біршама ДНҚ бөлiгін алады, мысалы, дəрі-дəрмекке ультрадыбыспен əсер етеді. ДНК ерітіндісін қыздырғанда, диссоциирлену барысында жалғыз тізбекті фрагменттер түзіледі. Бұндай бөлiктер ұзындығы бойынша бірнеше мыңдаған нуклеотидке сəйкес келеді. Ерітіндіні суытқан кез- де ДНҚ-ның реассоциациясы болады, яғни қос тізбекті ДНҚ қалпына келеді. Комплементарлы бөлiктерді реассоциирлену барысында түзілетін дуплекстер комплементарлы — қайта диссоциация болмайтын емес, ол өте мықты. Бұл үдеріс барлық ДНҚ будандар түзіліп болғанша жалғаса береді. 3.3-суретте жоба көрсетілген, ол ДНК бөлiгінің реассоциация ки- нетикасын сəулелендіреді: реассоциацияленген бөлiктер қатынасы үйлесiмдiк уақыттың логарифмдік функциясы болып есептеледі. Көрсетілген жағдайы С о – алғашқы біртізбекті ДНҚ-ның концентрация- сы, ол I-уақытта. Бірдей организм түрлерінің ДНК-ның реассоциация кинетика- сына салыстырмалы түрде көп пайдалы мəліметтер береді. Жеке қарастырғанда, жарты реакцияның уақытын салыстырады, барлық 127 ДНҚ-ның жартысы қос тізбекті фрагменттер түрінде көрсетілген. Егер ДНҚ-ның барлық бөлiктері ғажап нуклеотидті қалдықтармен ұзындығы бойынша шамамен бірдей, биіктігі С о t /1/2 жалпы ДНК ұзындығына тура мөлшерлес өзгеріп отырады. 3.3-сурет. ДНҚ идеалды қисық реассоциациясы (С/Со), уақыттың 0 күйі кезінде барлық ДНҚ ерекше біртізбекті бөлiктермен ұсынылады. Абсцисс өсінде Со/t логарифмдері белгіленген (У. Клаг, М. Каммингс, 2007) ДНҚ-ның үлкен реассоциациясы геномында баяу өтеді, ДНҚ геномындағы көптеген əртүрлі бөлiктер арасынан комплементарлы бөлiктерді іздеуге көп уақыт кетеді. Бөлiк саны көп болған сайын, кездейсоқ, тұрақсыз дуплекстер көп түзіледі. 3.4-сурет. Геном мөлшерімен фагтар мен бактериялардан бөлінген ДНҚ реассоциация кинетикасымен салыстырады. Геномды ДНҚ ұзындығы қисық ұқсас формаға қайта енеді, сызбаның оң жағына жылжытылған, яғни реассоциация уақыты үлкейеді (У. Клаг, М. Каммингс, 2007) 128 ДНҚ-ның реассоциация кинетикасының алғашқы тəжірибелерінде жəне эукариот ДНҚ-лары жəне эукариот ДНҚ-ның бөлiктері бактерия ДНҚ-сына қарағанда жылдамырақ реассоциациясы анықталды (3.4-су- рет). Сол уақытта басқа бөлiктердің үлкен мөлшерлері мен күрделі құрылымына қарай реассоциация уақыты төмен болды. 3.5-сурет. Е.соli ДНҚ-сының реассоциация кинетикасымен бұзау тимусындағы ДНҚ реассоциациясының қисығы салыстырылады. Бұзаудың қайталанатын ДНҚ бөлiкшесі жылдамырақ реассоциацияленеді, Е.соli. ДНҚ-сының геномына қарағанда өте күрделі бірегей ДНҚ-лар өте баяу реассоциацияланады (У. Клаг, М. Каммингс, 2007) Бриттен мен Кон, мысалы, бұзаудың тимусынан алынған ДНК-ның реассоциация кинетикасын зерттеді. Алынған негіздерге сүйене оты- рып (3.5-сурет), олар болжам жасады, жылдам реассоциацияланатын ДНҚ бөлiкшесі қалдықтармен қайталанатыны ұсынылды. Бірегейге қарағанда көп көшірмелі ДНҚ-ның дұрыс шағылысуы көбірек, сон- дықтан қайталанатындарының реассоциациялануы көбірек. Қалған ДНҚ бөлiкшелері жалғыз көшірмелі қалдықтармен ұсынылған, ол Е.соli геномына қарағанда тимус ДНҚ-сында көбірек, сондықтан олардың реассоциациясы өте ұзартылған. Қайталанатын ДНҚ геномда белгілі бір қалдықтардың көптеген көшірмесі түрінде ұсынылған жəне бұл эукариот гено- мына тəн. Көрсетілген жағдайларда ДНК-ның аз қалдықтары мил- лион рет қайталанады. Басқа жағдайларда нуклеотидтердің өте үлкен қалдықтары бірнеше есе ғана қайталанған, сонымен қатар қайталанудың аралық нұсқалары кездеседі. Қайталанатын ДНК-ның ашылуы мынадай қортындыға келді, эукариоттардың үлкен бөлігі 129 белоктарды кодтайтын гендерге жатпайды, олар басқа қызметтер атқарады. жүктеу/скачать 5,04 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|