Бассейндік су шаруашылығы басқармалары – қызметі екі және одан да көп облыстардың аумағында жүзеге асырылатын уәкілетті органның өңірлік органдары. БСШБ-дің облыстарда дербес бөлімдері бар. Олардың негізгі міндеті бассейн аумағында мемлекеттік басқаруды тиісті жүзеге асыру болып табылады.
Бұлардан басқа, бассейндік басқару функциялары жүзеге асырады:
бассейндік принцип негізінде гидрографиялық бассейннің су ресурстарын кешенді басқару;
оң экономикалық әсерге, орынды, әділ және экологиялық орнықты су пайдалануға қол жеткізу мақсатында су ресурстарын пайдалану жөніндегі кәсіпорындар, компаниялар және т. б. қызметтерін үйлестіру;
қоршаған ортаны қорғау, жер қойнауын зерттеу және пайдалану саласындағы уәкілетті мемлекеттік органдармен бірлесіп бассейндер бойынша су объектілерінің мемлекеттік есебін, мемлекеттік су кадастры мен мониторингін жүргізу;
судың жай-күйіне әсер ететін кәсіпорындар мен құрылыстарды салу және қайта жаңарту жобаларын жобалау алдындағы құжаттамаға мүдделі мемлекеттік органдардың қорытындыларын келісу;
тиісті бассейннің суларын кешенді пайдалану және қорғау схемасын, су объектілері мен су шаруашылығы құрылыстарын пайдалану ережелерін келісу;
су қорын ұтымды пайдалану және қорғау бойынша жүргізіліп жатқан жұмыстар туралы, судың жай-күйі мен сапасын жақсарту бойынша қабылданып жатқан шаралар туралы халықты хабардар ету;
бассейндік кеңестің жұмысын ұйымдастыру, бассейн аумағындағы су қорын пайдалану және қорғау мәселелері бойынша бассейндік кеңес мүшелерімен консультациялар өткізу, бассейндік кеңестің ұсынымдарын мүдделі мемлекеттік органдар мен су пайдаланушыларға жеткізу.