Қоқан автономиясы құлатылғаннан кейін Мұстафа Шоқай өмірінің жаңа кезеңі оның шетелдік эмиграцияға ұшырауымен басталады. Азамат соғысы жылдары Мұстафа Шоқай алдымен 1919 ж. Маңғыстау арқылы Грузия асып, соңынан 1921 ж. Стамбулға аттанады. Онда ұзақ кідірместен Парижге аттанады. Ал өмірінің соңғы кезеңін Германияда өткізеді. Мұстафа Шоқайдың шетелдегі эмиграциялық қызметі туралы түрлі пікірлер кеңестік дəуірде қалыптасқан. Оны қашқын ретінде бағалаған. Бірақ елде қалған Алаш зиялыларының тағдырына көз жүгіртейікші. Кеңес үкіметін мойындауға мəжбүр болған Ə. Бөкейхан ОГПУ тергеушілеріне берген жауабында: «Мен кеңес үкіметін сүймеймін, бірақ мойындаймын» деп көрсеткен, ал А. Байтұрсынов кеңес үкіметін мойындаса да, сенімсіздік көрсеткен [9]. Бірақ бұл бағыттағы қазақ зиялыларының көбісі 1937–38 жж. қуғын-сүргінге ұшыраған. Ал С. Сейфуллин, Т. Рысқұловтардың да тағдыры осылай аяқталды ғой. Бұл жерде М. Шоқайдың елден кетіп күресін шетелде жалғастыруға өлкедегі ауыр жағдай итермелегенін мойындау керек. Елде қалса, ол осы зиялылардың тағдырының кебін киетінін түсінді. Оның өз елінен жырақта ауыр қиындықтармен саяси күреспен айналысуын көзсіз ерлік деп бағалауға болады.
М. Шоқайдың соңында бай мұра қалды. Атап айтсақ, олар 1917 ж. Ташкентте «Ұлұғ Түркістан», Қоқанда «Жаңа Түркістан», 1919 ж. Тбилисиде «Вольные горцы», «На рубеже», 1921 ж. Стамбулда «Шөбнəме газетасы» газеттерін, сондай-ақ «Жаңа дүние» (1920), «Жаңа Түркістан» (1927–1937), «Түркістан» (1935), «Орта Азия» (1928) секілді француз, түрік, орыс тілдерінде кітаптар, «Жас Түркістан» журналын, т.б. көптеген еңбектерін бастырып шығарды [10]. Мұстафа Шоқайдың жары Мария Шоқай «Менің Мұстафам» деген естелігінде мынадай ой айтады: «Өмірінің соңғы сəттерінде, 1940 жылы соғыс тұсында, ол үнемі Түркістанның большевиктерден құтылуын армандайтын. «Алып елімнің тəуелсіздікке қол жеткізгенін көруді нəсіп етсе, мен тек үгіт-насихат ісімен ғана айналысар едім. Жастар үкімет құрса, мен елімнің тарихы жəне басқа өлке халықтары туралы тамаша кітаптар жазумен айналысар едім», — дейтін Мұстафа Шоқай [11; 340]. Қайраткердің соңғы демі біткенше жалғыз арманы ол — өз елінің тəуелсіздік алып, егеменді ел болғаны екен. Бүгінгі таңда Мұстафа Шоқайдай, Əлихан Бөкейхандай қазақтың басқа да ұлт қамын ойлаған зиялылары армандаған тəуелсіздікке біз бейбіт жолмен қол жеткізіп отырмыз. Олай болса, ғұмыр бойы кеңес үкіметінің отаршыл саясатымен күресіп, сол үшін отанын тастап, шетелге эмиграцияға кетуге мəжбүр болған Мұстафа Шоқайдың өмір жолы əркімге де ой салып, өшпес өнеге болары хақ.
Мұстафа Шоқайұлының біртұтас Түркістан идеясының генезисін қарастырғанда бұл мəселеге ықпал етті деген бірнеше факторларды атап өткеніміз дұрыс болар. Бұл жерде, ең алдымен, ойға келетіні оның туып өскен ортасы, тектілігі болады. М. Шоқайдың анасы да, əкесі де текті жерден болғандығы белгілі.
Екіншіден, ол М. Шоқайдың туған өлкесі Түркістан өңірінің сан ғасырлық тарихы, оның ішінде Ташкент пен Ақмешіт қалалары Түркістан идеясының қалыптасуына əсер еткен. Себебі, 1837–1847 жж. К. Қасымұлының көтерілісі, 1856 ж. Сыр бойындағы Ж. Нұрмұхамедұлының көтерілісі, 1870 ж. Маңғыстаудағы қазақтардың көтерілістерінің ұшқыны М. Шоқайдың еліне деген сүйіспеншілігіне, оның тарихына деген қызығушылығына əсер етпеуі мүмкін емес. Жоғарыда қарастырғанымыздай, М. Шоқайдың орыс отаршылдығын жастайынан сезінуі, өлкедегі саяси оқиғаларға ертеректеу араласа бастауы оның түрікшілдігінің бастамасы болды деуге болады. Үшіншіден, Мұстафа Шоқайдың түрікшілдігі, «тұтас Түркістан» идеясының қалыптасуы мен бастау көздерін алып қарастырғанда жəдидшілдік қозғалыс туралы айтпай өту мүмкін емес. Жəдидшілдік қозғалысының пайда болып, Түркістан өңіріне таралуы туралы түркітанушы-ғалым Сəбит Шілдебайдың еңбектерінен кең мағлұмат алуға болады. Ресей жəдидтерінің атасы Ш. Маржанидің жолын ұстанған баспагер Каюм Насыри мен Исмағұл Гаспралы орыс езгісінен құтылу жолында бүкіл ислам əлеміндегі рухани тұтастықты пайдалана отырып, тарихи тұтастыққа қол жеткізу үшін күрес жүргізді. Яғни түрік халықтарын оятуға, өткен тарихы арқылы өзін танытуға, ортақ мүдде жолында тұтас түрік қозғалысын ұйымдастыру жолында тер төкті. Осылайша, түрік қағанаты дəуірінде Қытайға қарсы қорғаныстық сипатта пайда болған «тұтас түрік елі» идеясы ХIХ ғасырдың аяғында түрікшілдікті туғызды. ХІХ ғасырдың 90-жж. жəдидтік мектептер мен медреселер Қырым, Еділ жəне Орал татарлары, башқұрттар мен ноғайлар арасында мойындалып, қазақ даласына бұндай мектептер туралы хабарлар екі бағыт арқылы — Орынбор жəне Түркістан өлкесі молдаларының (жəдидшіл мұғалімдердің) мəдени-ағартушылық қызметі арқылы тарала бастады. Əсіресе қазақ даласына жəдидшілдік идеяларын таратуда Түркістан өлкесінің түрікшіл жəдидтері үлкен қызмет атқарды. Түркістан өлкесіндегі жəдидтік мектептердің бірін 1893 ж. қыркүйек айында көпес Хұсайыновтың қаржысына И. Гаспралы Самарқанд қаласында ашады. Жəдидтер дегеніміз — мəдениет түрікшілдері болды [11; 342]. Бір сөзбен айтқанда, ХХ ғ. басындағы жəдидшілдік патша үкіметін қатты үрейлендірген философиялық идеологиялық, рухани-мəдени һəм тарихи біртұтастықты көтерген, қазақ қоғамына ерекше ықпал еткен əрі тарихында терең із қалдырған мəдени түрікшілдік болатын.