Су ресурстарының жұтаңдауы мен ластануы. Қазақстан су ресурстарының үлкен тапшылығы қалыптасқан елдер санатына жатады. Қазіргі кезде су нысандары тау-кен өнеркәсібі, металлургия және химия өнеркәсібі, қалалардың коммуналдық қызметтері кәсіпорындарымен қарқынды түрде ластап, әрі нақты экологиялық қауіп-қатер тудырып отыр. Тым көп ластанған өзендер — Ертіс, Нұра, Сырдария, Іле, Балқаш көлі. Халықты ауызсумен қамтамасыз ететін негізгі көздер болып табылатын жерасты сулары да ластануға ұшыраған. Су нысандарына антропогендік жүктеме мен олардың қалпына келу қабілеттілігі арасындағы теңгерімсіздік экологиялық қолайсыздықтың барлық ірі өзен бассейндеріне тән болуына алып келді, ал су шаруашылықтарының қажеттіліктерін жеткіліксіз қаржыландыру су шаруашылығы нысандарының қанағаттанғысыз техникалық жағдайы мен халықты ауызсумен қамтамасыз ету мәселелерінің ушығуының себебіне айналды. Жерүсті суларының ластану, қоқыстану және жүтаңдау үдерістері жалғасуда, олардың негізгі себебі су қоймаларына тазартылмаған немесе жеткіліксіз тазартылған ағынды сулардың құйылуы болып табылады. Су нысандарына жыл сайынғы түсетін шығындылар шамамен 2,5 миллион тонна құрайды.
Әскери-ғарыш полигондары мен сынақ кешендерінің әсері. Қазіргі кезде Қазақстан Республикасының аумағында төрт әскери-сынақ полигоны мен «Байқоңыр» кешені жұмыс істейді. Қоршаған орта мен жақын маңда өмір сүретін халыққа теріс әсерін тигізетін ракеталардың жерге құлаған және құлап түсетін сынықтары, аса улы отынның төгілуі және басқа да факторлар нақты экологиялық қауіп-қатер тудырады. «Байқоңыр» космодромынан тасымалдаушы ракеталалардың ұшырылуы жалпы көлемі 12,24 млн гектар құлау аймағы деп бөлінген бөліктерімен қамтамасыз етілген.
Ауа бассейнінің ластануы. Атмосфераға Қазақстанның өнеркәсіп кәсіпорындарының шығындылары жылына шамамен үш миллион тонна құрайды, олардың 85%-і 43 ірі кәсіпорынға келеді. Ауаны автомобиль көлігінің ластауы көлемі аса қауіпті болып саналады, ол республика аумағында автокөлік құралдары санының қарқынды өсуіне байланысты. Бұл мәселе республиканың ірі қалалары үшін өзекті, онда автокөліктің ауа бассейнін ластауына қосқан үлері жалпықалалық шығындылардың 60%-іне және одан да жоғарыға жетеді.
Атмосфераның негізгі ластануы түсті металлургия, жылу энергетикасы, қара металлургия кәсіпорындарының, мұнай-газ кешені мен көлік шығындыларына байланысты. Атмосфера ауасының ластануынан болатыны айқын қауіп-қатерлер халық денсаулығының нашарлауы және қоршаған ортаның құлдырауынан көрінеді. Атмосферадағы ауаның ластану мәселесі республика халқының жартысынан көбі өмір сүретін, негізінен, ірі қалалар мен өнеркәсіптік агломерацияларға тиесілі. Ең көп ластанғандар қатарына 10 қала жатқызылған, олардың 8-інде ауа ластануының деңгейі жоғары. Қалалардағы ауа ластануының жоғары деңгейінің себебі өндірістің ескірген технологиялары, тиімсіз тазарту құрылғылары, қолданылатын отынның төмен сапасы, энергияның жанданатын және дәстүрлі емес көздерінің нашар пайдалануы болып табылады. Автокөлік санының күрт өсуі ірі қалалардағы (Алматы, Өскемен, Шымкент) көміртек оксиді мен азот диоксиді шоғырлануының өсуін тудырады, бұл қалаларда осы заттардың орташа жылдық шоғырлануы шекті рұқсат етілетін мөлшерден артық. Ауа бассейнінің ластануы көмірсутек шикізаты кен орындарының ескілерін өңдеуге және жаңаларын игеруге байланысты, ол атмосфераның күкірт сутегімен, меркаптанмен ластануының ұлғаюына алып келеді. Ілеспе газдарды жағу атмосфераға булы газдардың, күкірт пен азот оксидінің үлкен мөлшерінің шығуымен ере жүреді, кен орындарының айналасында жоғары жылу аясы пайда болады.