- оқушылар әртүрлі сыныпта оқығанымен, олардың назарын бір пәннің мазмұнындағы ұқсас тақырыптарға аударуға мүмкіндік жасалады;
- әр оқушы білім деңгейіне қарай өзіндік жұмыс түрлерін орындайды;
- өзіндік жұмыстарды оқушылардың жас ерекшелігіне қарай деңгейлеп беруге жағдай жасалады;
- оқушылардың бір-біріне көмектесіп, ұжымдық қарым-қатынасқа түсуіне мүмкіндік беріледі;
- оқушылардың бірін-бірі тексеруін, өзін-өзі тексеруін және бағалауын жүзеге асырылады;
- жоғары сынып оқушысы төменгі сыныптың жұмысын тексеріп бағалау арқылы өз білімін іс жүзінде қолдануына мүмкіндік туады. Пәнішілік кіріктіре оқыту мүмкін болмаған жағдайда пәнаралық кіріктіре оқыту мүмкiндiгі бар (мысалы: әдебиет пен тарих, тарих пен география, биология мен химия, математика мен информатика).
Бастауыш шағын жинақты мектеп жағдайында балалардың бағдарламалық материалдармен ұйымдастырылатын өзiндiк жұмысына кететiн уақыт мөлшерi сақталуы керек:
- математика сабағы бойынша 2-сыныпта 15 минуттан, 3-сыныпта 20 минуттан аспауы тиiс.
Шағын жинақты мектепте оқу үдерісін ұйымдастыруда тиімді педагогикалық технологиялар (деңгейлеп, саралап оқыту, ұжымдық оқыту, дамыта оқыту, ақпараттықкоммуникациялық технология және т.б.) қолданылады.
Шағын жинақты мектептерде оқу - тәрбие жұмысының мазмұнын жақсарту, оқушылардың білім деңгейін мемлекеттік стандарт дәрежесіне көтеру сияқты мәселелері бірқатар ғылымдар мен әдіскерлердің назарын аударған. Олардың еңбектерінде бірнеше сыныпты бір мезгілде қатар оқытудың тиімді жолдарын іздестіру
(Ж. Аймауытов, Ғ.Бегалиев, Ж.Қаржасбаев, М.Бүрлібаев, Ғ. Сүлейменов, А.Асқарбаева),
сабақты ұйымдастырудың өзіндік ерекшеліктері мен әдіс - тәсілдерін анықтау ( Б. Құлмағамбетова, А. Асқарбаева, Г.М. Храпченков, Қ. Аймағамбетова); «Қазақ тілі», «Ана тілі», «Математика», «Айналамен таныстыру» пәндерін оқытудың мазмұны мен практикалық бағытын белгілеу (Ш. Әуелбаев,
А. Асқарбаева, Б. Құлмағамбетова; бір пәндік, бір тақырыптық сабақтардың тиімділігін дәлелдеу (М.Сайпин, З. Бейсенбаева, Е. Шапаева, О.Сатқанов, Б.Катембаева); осы үлгідегі мектептер үшін болашақ мүғалімдерді дайындау мәселелері (З.Әділғазинов) қарастырылады.
1974 жылы Б.Құлмағанбетованың «Аз комплектілі мектепте сабақты ұйымдастыру» деп аталатын еңбегінде мынадай мәселелерді қарастырды: 1) аз комплектілі мектептердің қазіргі жайы; 2) аз комплектілі мектептерде жұмыс түрлерін ұйымдастыру; 3) аз комплектілі мектептерде сабақты ұйымдастырудың әдіс тәсілдері;4) аз комплектілі мектептерде тіл дамыту жұмыстарын ұйымдастыру. Автор шағын жинақты бастауыш сыныпта сабақ беретін мұғалімдердің іс тәжірибелеріне шолу жасай келіп, әрбір сыныпта
Оқылатын тапсырмаларды, оларға қатысты материалдарды, көрнекі құралдар мен әдістемелік жаттығуларды орынды пайдаланып, жұптасқан сабақтардың құрылысын, өздік жұмыстардың түрлерін, көлемін, оған кететін уақытты т.с.с. дұрыс белгілеп алса, оқу - тәрбие жұмысы нәтижелі болады деген қорытында жасайды.
