Бұл кезеңде ауқымы үлкен командалық-салалық басқару құрылымы айтарлықтай қысқартылып, оңтайландырылды және нарықтық экономиканың талаптары мен жаңа саяси процестерге бейімделген мемлекеттік басқару жүйесі қалыптасты. Орталық басқару органдарын оңтайландыру негізінен әртүрлі мемлекеттік органдардың функцияларының қосарлануын болдырмауға, басқару буындарының санын азайтуға, сонымен қатар ведомствоаралық қарым-қатынас және жауапкершілік пен есеп берушілік мәселесін реттеуге мүмкіндік берді. Қазақстанның мемлекеттік басқаруын одан әрі жетілдірудің негізгі бағыттары «Қазақстан – 2030» Стратегиясында айқындалды. Дамудың осы кезеңінде стратегиялық міндетті табысты іске асыру негізі жоғары тиімді мемлекеттік басқару жүйесі болды. Бұл кезеңде мемлекеттік басқару жүйесінде бірқатар күрделі қайта құрулар жүргізілді. Осыған байланысты, Қазақстан Республикасының Президенті 1999 жылғы 22 қаңтардағы «Қазақстан Республикасы Үкіметінің құрылымы туралы», 1999 жылғы 13 қазандағы «Мемлекеттік органдарының құрылымын жетілдіру және олардың құзыреттерін нақтылау жөніндегі іс-шаралар туралы», 2000 жылғы 13 желтоқсандағы «Жекелеген мемлекеттік органдарды қайта ұйымдастыру, тарату және құру туралы» Жарлықтарға қол қойды.
Қайта құру жұмыстарының жүргізілгеніне қарамастан, мемлекеттік органдардың қызметінде шешімін таппаған мынадай мәселелер болды:
Қайта құру жұмыстарының жүргізілгеніне қарамастан, мемлекеттік органдардың қызметінде шешімін таппаған мынадай мәселелер болды:
– мемлекеттік аппарат үлкен күйінде қалды;
– мемлекеттік басқарудың горизонтальдық және вертикальдық деңгейлерінде функциялардың қайталануы сақталды;
– бюджетаралық қатынастар саласында өзгеріс енгізу талап етілді; – жекелеген мемлекеттік органдардың жұмысы ашық болмай қалды. Мемлекет басшысының тапсырмасы бойынша осы мәселелерді шешу үшін басқару және бюджетаралық қарым-қатынастарды жетілдіру деңгейлері арасындағы өкілеттіктерді ажырату бағдарламасы дайындалды. Бағдарламада Қазақстан Республикасында мемлекеттік басқару жүйесін реформалауды жүргізу барысында негізге алынатын қағидаттар бекітілді. Оның ішінде ең негізгілері: мемлекеттік басқарудағы тікелей және жанама басқарудың ара жігін нақты ажырату; құрылымдардың қайталануын болдырмау; мемлекеттік басқару функцияларын тиімді жүзеге асыруды қамтамасыз ету; мемлекеттік қызмет көрсету сапасын арттыру; бюджеттік мәселелермен бірге өкілеттіктерді бөлу мәселелерін шешу; мемлекеттік органдардың бақылау функцияларын қысқарту және және т.б. болды. 2004 жылдың 17 қыркүйегінде әкімшілік реформаны өткізу бойынша өткен кеңесте Қазақстан Республикасының Президенті Нұрсұлтан Назарбаев елімізде кең ауқымды әкімшілік реформаның басталғаны туралы жариялады. Ол мемлекеттің дамуының жаңа кезеңінде мемлекеттік басқару жүйесін реформалаудың негізгі бағыттарын айқындап берді, атап айтқанда:
