Қазақстан Ғылым академиясының ұйымдастырылуына Қ.И. Сәтбаев зор үлес қосты. Ол 1941 жылы ғалым Алматы қаласында ұйымдастыру ісін қолға алды. 1942 жылы КСРО Ғылым академиясы Қазақ бөлімшесі президиум төрағасы болып бекітілді. Бұл республикамызда дербес Ғылым академиясын ашуға серпін берді. Ол Мәскеумен хат алысып, келіссөздер жүргізді. Ғалым КСРО-ның еуропалық бөлігінен уақытша көшірілген ғалым академиктерді жинады.
Ұзақ дайындық жұмысынан кейін 1946 жылы маусымда Қазақ КСР Ғылым академиясы ашылды. Ғылым ордасы алғашқыда қазіргі микробиология институтының екі қабатты ғимаратында орналасты. Ғылым академиясының құрамында 18 ҒЗИ, 8 сектор, 7 тәжірибелік станция, 3 ботаникалық бақ болды. Қызметкерлердің саны 1400 адам, соның ішінде 57 ғылым докторы, 184 ғылым кандидаттары. Қ. Сәтбаев бастамасымен 11 жаңа ғылыми-зерттеу институттары құрылды.
Ағартушы – ғалымдар
Ш. Уәлиханов, Ы. Алтынсарин шығармаларын жинап, жарыққа шығару қолға алына бастады. 1958 жылы Қазақ КСР Ғылым академиясының Философия және құқық институты, 1961 жылы Тіл білімі, әдебиет және өнер институттары ашылды. ХХ ғасырдың 50-жылдардың соңына дейін Қазақ КСР Ғылым академиясының құрамында 50 ғылыми-зерттеу мекемесі қызмет етті, 500-ге жуық аспирант оқыды. 1985 жылы республикада 40 мыңнан астам ғылыми қызметкер болды.
Саяси қуғын – сүргіннің жаңа толқыны
1940 жылдардың соңы – 1950 жылдардың басында саяси қуғын-сүргіннің жаңа толқыны басталып, ғылым идеологиялық қысымды қатты сезінді. Көрнекті тарихшылар Е. Бекмаханов, Ә. Марғұлан, Б. Сүлейменов, Е. Ділмұхамедов т.б. ғалымдарға ұлтшылдық айыбы тағылды. Олар Қазақстанның Ресей империясының құрамына енуі, ұлт-азаттық қозғалыстар т.б. мәселелер аясында әдістемелік өрескел қателіктер жіберді деп айыпталды.
