Микроорганизмдермен жүмыс істеуді оңтайландыру үшін, оларды классификациялау қажеттілігі туындады. Классификация деген белгілі бір биологиялық объектіні, өзіне тән қасиеттеріне байланысты, белгілі бір топқа (таксон) жатқызу.Өздеріне тән қасиеттеріне байланысты жекелеген топтар (таксондар) бойынша тірі организмдердің қоршаған ортада таралуын зерттейтін және оларға атау беретін ғылым систематика деп аталады. Биологияның ерте даму кезеңдерінің өзінде-ақ ғалымдар екі патшалықты бөліп көрсеткен: өсімдіктер және жануарлар.
1886ж неміс ғалымы Геккель микроорганизмдерді үшінші патшалық (қарапайымдар) ретінде қарастыруды ұсынды.
Қазіргі кезде микроорганизмдер үш патшалыққа бөлінеді:
Procariotae - нағыз бактериялар, рикетсиялар, хламидиялар, микоплазмалар, спирохеттер, актиномицеттер жатады.
Eucariotae - қарапайымдар мен саңырауқұлақтар жатады.
Vira-оларға вирустар жатады.
Микроорганизмдерді топтастыру кезінде келесідей қасиеттері ескеріледі:
Морфологиялық (клетканың пішіні, көлемі, сыртқы түрі, өзара орналасуы) клеткалық құрылымы, спора түзу қабілеті, көбею түрі.
Физиологиялық (қоректену типі, энергия алу түрі, оттегінің әсері, патогендігі, температураның әсері және т.б)
Культуралдық (қоректік ортада өсу сипаты, түзетін коллонияларының пішіні мен көлемі, түсі, мөлдірлігі, шеттері және беткі бөлігі)
Биохимиялық (органикалық заттарды түзу кезіндегі айырмашылықтары)
