Цитоплазма – химиялық құрамы өте күрделі, қоймалжың келген мөлдір зат. Оның құрамында ақуыз, май, су, түрлі минерал заттар және ферменттер болады. Ол өзгеріп, жаңарып отырады. Онда тірі организмге тән ассимиляция және диссимиляция құбылыстары жүріп жатады. Цитоплазма сыртқы орта әсеріне өте сезімтал. Қышқылдар мен сілтілер және түрлі улы заттар оған өте зиянды әсер етеді. Жас бактерия клеткаларында цитоплазма бүкіл клетканы алып жатады. Ал ересектерінде клетка шырынына толы қуыстар – вакуолялар болады. Цитоплазмада рибосомалар, басқа да әртүрлі заттар (гранулеза, гликоген, волютин, күкірт, темір т.б. қосылыстар) болады.
Рибосомалар – протеин биосинтезін жүзеге асырушы органоид. Олар сутекті және гидрофобты байланыстармен қосылған протеин мен рибонуклеин қышқылы (РНҚ) кешенінен тұрады. Рибосомалардың пішіні дөңгелек немесе сопақша, мөлшері 15-20 нм, бір жасушадағы саны бірнеше мыңға жетеді. Рибосомалар жеке немесе топталып, 10-20 рибосомадан (полирибосома) орналасады. Рибосомалар жасуша массасының шамамен ¼ құраса, ал рибосомалық РНҚ (рРНҚ) бактериядағы барлық РНҚ-ның 80-85% құрайды. Рибосоманың негізгі қызметі – ақуыз түзу. Ол үшін полисомалар түзіледі. Полисомалар рибосома,информациялық және тасымалдаушы РНҚ-дан тұрады.
Мезосомаларнемесе митохондриялардың қызметін цитоплазмалық мембрананың инвагинациясы нәтижесінде пайда болған құрылымдар атқарады. Мезосомалар негізінен жасушалардың энергетикалық орталығы болып табылады. Онда ферменттердің көмегімен май қышқылдарының тотығуы, фосфорлануы, яғни жасушадағы тыныс алу процесі үздіксіз жүріп жатады.
Фотосинтездеуші бактериялар цитоплазмасында тиллакоидтар кездеседі. Қошқыл бактерияларда олар клетка массасының 40 - 50 пайызын қамтиды. Тиллакоидтар негізінен ақуыздар мен липидтерден тұрады. Онда хлорофилдер мен каротиноидтер сияқты фотосинтездік пигменттері де кездеседі.
Негізгі органеллалармен қатар бактерияларда қосымша элементтер де болады. Олардың болуы клеткада міндетті емес. Олар екіге бөлінеді ақуызды мембранамен қапталған және қапталмаған.
1-сіне жататындар- газ вакуольдер, карбоксимолар, магнетосомалар, поли-майлы қышқылдың түйіршіктері жатады.
2-сіне полисахаридті түйіршіктер, R-денелер жатады.
Газ вакуольдер.Олар газ көпіршіктері клеткаға қалқып жүру қабілетін береді.Оның құрамындығы газдың құрамы сыртқы ортадағы ауаның құрамына сай келеді.Әр көпіршік ұзындығы 200-1000 нм, ені 75 нм, қалыңдығы 2 нм цилиндр пішінді, белокты қабатпен қапталып, иректеліп орналасқан. Газды вакуольдер клеткаға қалғып жүру қасиетін береді.