1) Дәрежелері бар кадрлардың қартаюы
2) Сенімді білім беру статистикасы жүйесінің болмауы
3) Білім беру жүйесін толық қаржыландырмау
4) Білім беруге жұмсалатын шығындар 3,8%-ды құрайды, ал ЮНЕСКО-ның ұсынғаны 5-7%
5) Білім беру гранттарының біркелкі бөлінбеуі
6) Өңірлік даму қажеттіліктеріне сәйкес келмейтін көп бейінді университеттер санының артық болуы
7) Кадрлар даярлаудағы сәйкессіздік
8) Оқу орындарында ақпараттық жүйелердің жетілмегендігі
9) Оқытушылардың орташа жалақысы әлемдегі ең төменгі жалақылардың бірі болып табылады
10) Жоғары білім беру ұйымдарының инфрақұрылымы қатты ескірген
11) Білім беру бағдарламалары мазмұнының теңгерімсіздігі
12) Ғылым мен салалық ғылыми зерттеулерді бірыңғай орган үйлестірмейді
13) Ғылым, білім және өндірістің нашар байланысы
14) Педагогикалық білім сапасының төмендігі
15) Бітірушілер бейіні құзыреттерінің кәсіби қауымдастық талаптарына сәйкес келмеуі
16) Ішкі академиялық ұтқырлық кезіндегі кедергілер – оқу құнының әртүрлі болуы
17) Алдыңғы деңгейдегі оқыту нәтижелерін тану жүйесінің жетілмегендігі
18) ҚР жоғары білім беру жүйесінде ғылыми қызметкерлерді еңбекке ынталандыру деңгейінің төмендігі
19) Біліктілікті арттырудың жоспарлы жүйесінің болмауы
20) ОПҚ-ның шет тілдерін меңгеруінің нашар деңгейі
21) ОПҚ-ның және зерттеушілердің ғылыми деректер базасын жеткіліксіз пайдалануы
22) PhD бағдарламалары бойынша білім алушылар саны жоғары білім беру ұйымдарының және ҒЗИ-дың дәрежеленген кадрларға деген қажеттілігін өтемейді
3
Мүмкіндіктері
1) Білім беру жүйесіне мемлекеттің назары
2) Мемлекеттік-жекешелік әріптестікті дамыту
3) Халықаралық ұйымдар мен жұмыс берушілер тарапынан білім мен ғылымды инвестициялық қолдау
4) Халықаралық гранттар мен бағдарламалар бойынша оқыту
5) Жергілікті бюджет қаражатынан жоғары білімді қаржыландыру
6) Орталық Азия елдерімен ынтымақтастықты кеңейту