зарядталған және зарядталмаған полярлы радикалдар арасындағы сутектік байланыстар;
полярлы емес (гидрофобты) радикалдар арасындағы гидрофобтық және ван-дер-вальс байланыстары.
Иондық және сутектік байланыстардың әлсіз болуының басты себебі-ақуыз молекуласы орналасқан сулы орта болып саналады. Дипольдық су молекулалары полярлы (зарядталған) радикалдар айналасында шоғырланып, зарядталған радикалдардың электірлік аймағын 80 есеге дейін төмендетеді және өздері полярлы радикалдармен сутектік байланыстар түзе алады. Радикалдардың әрекеттесу энергиясының көптеген бөлігі осы байланыстарды үзуге жұмсалады.
Әйтсе де, көптеген радикалдар аралық байланыстардың қалыптасуы ақуыз молекуласының табиғи (нативті) үшінші реттік құрылымының-термодинамикалық ең тұрақты конфигурациясының пайда болуына алып келеді. Әрекеттесуші радикалдар созылған полипептид тізбегінде бір бірінен өте алшақ орналасулары мүмкін, ал олардың жақындасуы осы тізбектің күрделі майысып иілулері нәтижесінде жүзеге асады.
Нәтижеде кейбір радикалдар (гидрофобтық радикалдардың көпшілігі) глобула (шумақ) ішінде, ал екінші біреулері-гидрофильдік радикалдар, оның бетінде орналасады. Бірақ, бұл абсолютті болмайды: гидрофобтық радикалдардың біршама бөлігі глобула бетінде орналасып лигандтармен әрекеттесу үшін өте қажет.
