Ә әрпінің түбір сөздің екінші буынында жазылатын сәттері де бар. Бұлар жалпы ережеден ауытқитын, сондықтан ескертуде көрсетілетін сөздер. Мысалы, ә әрпі сірә, куә, куәлік, күнә, күмән, іңкәр сияқты санаулы сөздердің екінші буынында жазылады (бұлардың толық тізімі орфографиялық сөздіктерде беріледі).
Ы, і әріптерінің қолданылуында да біраз қиындықтар бар.
Мысалы, олардың сөз ортасында жазылатын не жазылмайтын; кейбір сөздерді тәуелдегенде, түсіп қалатын не түсіп қалмайтын; сөз басында р, л дыбыстарынан бұрын жазылатын не жазылмайтын орындарын жете анықтап алу қажет болады.
Сөз ортасында не соңында келген екі дауыссыздың арасына қысаң ы,і дауыстыларын салмай, шұғыл айтылуы мен араларына ы, і дыбыстарын қатыстырып және соларды анық қосып айту жазуға да әсерін тигізеді. Мысалы, жарқ-жұрқ етті дегендегі жарқ деген сөздің айтылуы мен Шамның сәулесі жарық екен дегендегі жарық сөзінің айтылуы бірдей емес. Алдыңғысының соңғы екі дауыссызы кілт, шұғыл айтылса, соңғыда р дыбысы созылыңқы айтылады. Осы құбылыс жазуда да ерекшеленіп, жарқ-жұрқ дегенді ы әрпінсіз жа- чамыз да, сәуле беру мағынасындағы жарык созін ы әрпімен жазамыз.Осы сияқты жапырақ, қоңырау, мағына, құбылыс, үкімет деген сөздердің орталарындағы дауыссыздар кілт, шұғыл айтылмайтындықтан, араларына ы, і әріптері қойылып жазылады. Тек жазылуы қалыптасып кеткен яғни, сахна сияқты санаулы сөздер ғана ортасына ы, і әріптерін салмай, екі буын болып таңбаланады. Бұларды да орфографиялық сөздіктерден қарап жазу керек.
Сөздің соңғы буынындағы екі дауыссыздың арасындағы ы, і әріптерінің жазылуы немесе түсірілуі белгілі бір грамматикалық құбылысқа байланысты. Көптеген тілдерде сөз тұлғасы өзгергенде, кейбір дауысты дыбыстардың сусып түсіп қалу құбылысы бар. Қазақ тілінде де соңғы буындарында ы, і қысаң дыбыстары бар бірқатар сөздерді тәуелдегенде, олардағы соңғы қысаң дыбыстар сусып түсіп қалады: халық + ы - халқы, көрік + і - көркі (ажары), ерік + і - еркі. Бұл заңдылық ы, і дыбыстарының үнді (сонор) р, л дыбыстары мен қатаң қ, к дыбыстарының аралығында келген жағдайында ғана байқалады. Ал қалған сәттерде соңғы буындағы қысаң дыбыстар сусымайды, сақталып айтылады және жазылады: киім + і - киімі, құлын + ы - құлыны, ойын + ы - ойыны, бұрым + ы - бұрымы. Соңғы буынында ы, і дыбыстары бар түбір етістіктерге (мұнда да көбінесе р, л сонорлары мен қ, к қатаң дауыссыздардың аралығында келген ы, і дыбыстары бар сөздерге) дауыстыдан басталатын жұрнақтар жалғанғанда, қысаң дыбыстар сусып түсіп қалады, бұл заңдылық жазуда да орын алады: үрік + ек - үркек, бұйыр + ық - бұйрық, қорық + ақ - қорқақ, қорық + атын - қорқатын, қорық + ыныш -қорқыныш т.т.
Сондай-ақ кейбір зат есім, сын есімдерге көбінесе а, е сияқты ашық дауыстыдан басталатын қосымшалар жалғанғанда, соңғы буындарындағы ы, і дыбыстары түсіріліп айтылады және жазылады: орын + а - орнады (орынады емес), ойын + а - ойнады (ойынады емес), жиын + а + лыс - жиналыс (жиыналыс емес), ерін+ еу - ернеу (ерінеуемес), қырық + ыншы - қырқыншы (қырықыншы емес) т.т.