Бұл кластағы ферменттер функционалдық топтарды тасымалдауды катализдейді және сол принцип бойынша 8 подкластарға бөледі:
3 класс - Гидролазалар.
Бұл кластың ферменттері гидролиз реакцияларын катализдейді және гидролизге ұшырайтын байланыстың түрі бойынша 11 подкластарға бөлінеді:
4 класс - Лиазалар.
Бұл кластың ферменттері қосылыстардың гидролиздік емес ыдырауын катализдейді, мұнда субстрат молекуласынан белгілі топтар (СО2, Н2О, NH2 және т.б.) бөлініп кетеді.
Қос байланыстардың пайда болуын немесе қос байланыстың үзілген жеріне атомдар мен молекулалардың қосылуын катализдейді.
Бұл класта 7 подкластар бар, олар төмендегі байланыстардың үзілген жеріне әртүрлі атомдар мен молекулаларды қосу принципі бойынша бөлінген:
5 класс - Изомеразалар.
Бұл топ изомеризация реакцияларын катализдейді және 6 подкластарға бөлінеді:
6 класс - Лигазалар (синтетазалар).
Бұл класс АТФ жәнебасқа макроэргтердің энергиясын немесе биотинді пайдалана отыра, қосылыстардың синтез реакцияларын катализдейді
Және түзілген байланыстардың түрі бойынша 5 подкластарға бөлінеді:
Әрбір кластағы фермент молекуласының құрылымдық ұйымдастығы үшін коферменттердің (коэнзимдердің) өз топтары пайдаланылады:
Абсолюттік өзгешелік - фермент бір ғана субстраттың айналуын катализдейді.
Мысалы, уреаза тек қана мочевинаның гидролизін катализдейді.
Абсолюттік өзгешелік, әсіресе стериохимиялық субстратты өзгешелік түрінде жақсы көрінеді – фермент бір субстраттың мүмкін болатын барлық стереоизомерлерінің ішінде тек біреуінің ғана айналуын катализдейді.
Мысалы, фумараза тек қана фумар қышқылына әсер етеді де, оның стериоизомері – малон қышқылына әсер етпейді.
