Табиғи гидрохимиялық аномалиялар мен апаттар.табиғи жағдайларда су қоймалардың ластануы геохимиялық процестердің әсер етуімен болды.Оның мысалы- Қара теңіздің терең суларының күкіртеутекпен ластануы, ұсақ су қоймаларының суда химиялық және органикалық заттар жиналуына байланысты эвтропикалық ластануы және басқалар.
Табиғи феномендер қатарына Ұлы Африка жарылымы (Орталық Африка) алқабындығы Киву тұщы көлінің түбіндегі судың метанмен ластануы жатады. Көлдің аумағы - 2370км2, оның суы үшін бөлікке бөлінеді. Жоғарғы 70 метрлік қабатындағы су оттектік режимде, екінші –өтпелі белдем 70-275м аралығында, ал оның астындағы үшінші қабаты,көлдің түбіне дейін (496м), тоқтау су белдемі. Көл суының тұздылығы тік бағытта төменнен жоғары қарай 1%-тен (беткі жағында) 4%-ке дейін (тоқтау суда) өзгереді. Тоқтау қабаттағы суда метан (СH4) мен көмірқышқыл газының (CO2) мөлшері өте жоғары. Төменгі белдемнің метанмен ластануы әлі жұмбақ болып қалуда. Б.П.Жижченко (1984) метанды тереңнен келген деген пікір айтқан.
Теңіздердің, ағын сулардың, мұздықтардың қиратушы әрекеттілігі.Теңіз трансгрессиясы, цунами, өзен таулары туындатқан топан сулар геоэкожүйелер мен табиғи-антропогендік жүйелер қауіп төнгізіп келеді.
Топан су ең қауіпті тілсіз жау болғандықтан, ол геоэкожүйелер мен табиғи-антропогендік жүйелерге өте үлкен зиян келтіреді. 1800-ші жылдар соңынан 1980-ші жылдарға дейінгі жүз жыл ішінде топтасу салдарынан әлемде 9 млн адам қаза тапқан.
Голландия (Нидерланды) ғасырлар бойы елдің аумағына таси беретін теңізбен күресіп келеді. Бұл жерде теңіздің тасуынан қорғану мақсатында жасанды тосқауылдар тұрғызылды. Олардың қазындығы 1800 мильден (шамамен 3200 км) асады.Әйтсе де мұның өзі теңіз күшінің қиратуынан тиісінше қорғай алмайды.
Ең қауіпті табиғи құбылыстардың қатарына цунами (жапонша-“айлақтағы толқын’’) кіреді. Бұл алып толқындар суасты жерсілкіну (теңізсілкіну) және жанартау атқылаған кезде пайда болып, 1000 км/сағ жылдамдықпен таралады. Ашық теңізде цунами толқындарын байқау мүмкін емес, өйткені олардың биіктігі шамалы (1-2м), ұзындығы ондаған метрден 300-400км-ге жетеді. Ал жағалауға жеткенде толқындардың биіктігі 10-15м-ден 30-50м-ге жетеді, кейде одан асып кететіндіктен цунами өте үлкен қиратушы айналады. Олардың келтіретін зияны жерсілкіну салдарынан болатын зияннан бірнеше есе асып кетеді. Теңіз жағасындағы үйлер толқын соққысын былай қойғанда,су массаның салмағынан-ақ мыжылып кетуі мүмкін. Соңғы мыңжылдықта Тынық мұхит жағалуын цунами 1000 рет шамасында қиратқан. Олар Атлант және Идия мұхиты жағалауында ондаған рет байқалған. Цунами Жерорта теңізі, Қара теңіз тіпті Каспий теңізі жағалауларында да болған.