Еңбек жолы. Оқуды бітіргеннен кейін Тобыл губерниясына қоныс аударушы шаруалардың шаруашылығын зерттейтін «Тобыл экспедициясы» құрамында еңбек етті. 1895 жылы қыркүйекте Ақмола облысы Омбы орман шаруашылығы басшысының көмекшісі болып тағайындалады. Сонымен қатар Омбы орман мектебінің оқытушысы болып орналасады.
1897 жылы Қазақстанның бірқатар далалық уездерін зерттейтін Ф. Щербина экспедициясы жұмысына қатысады. Экспедиция барысында ол өз жерлестерінің жер көлемін мүмкіндігінше ұлғайтуға тырысты. Алайда кейін патша үкіметі тарапынан қазақ халқына тиесілі жер көлемі қысқартылды. Қазақ жері қоныс аударушы шаруаларға беріле бастады.
Әлихан Бөкейхан Сібір теміржолы аймағындағы мал шаруашылығын статистикалық-экономикалық тұрғыда зерттеумен айналысатын С. П. Швецовтің экспедициясында да еңбек етті. 1904 жылы қоныс аударту басқармасына шенеуніктік қызметке тұрады.
Қоғамдық-саяси және публицистік қызметі. Әлихан қоғамдық-саяси қызметпен белсенді түрде айналысты. Оның отаршыл патша үкіметінің саясатына көзқарасы өзгерді. Сонымен қатар ол дәстүрлі қазақ қоғамындағы: пайдакүнемдік, болыс лауазымы үшін талас-тартыс сияқты жағымсыз көріністерді де сынға алды. Өз халқының жарқын болашағын алдын ала болжады: «Қазақ даласы... табиғатынан ақылды және қабілетті қазақ халқы болашақта, өркениет жолында іргелі жетістіктерге жетеді», - деген пікір білдірді.
1905 жылы Мәскеуде өткен Ресей земствосы және қала қайраткерлерінің съезіне қатысты. Съезде жоғарғы мінберден қазақ тарихында тұңғыш рет туған халқының жоғын жоқтап, сөз сөйледі. Ол өз сөзінде қазақ халқының дін, тіл, сайлау т.б. бостандықтары жөнінде мәселе көтерді: «Мен қырғыз (қазақ) ұлтының өкілі саналамын... Бізде қазақ тілінде оқытатын мектептер қуғынға ұшырауда... Шаруалар бастығы (көбісі бұрынғы ротмистрлер) істі қазақ тілінде қарастыруға рұқсат етпейді...» Ол осы жылы кадеттер (конституциялық-демократиялық) партиясы мүшелігіне енді, Қарқаралы петициясын құрастыруға қатысты. 1906 жылы Семей облысы қазақтары атынан Ресейдің Мемлекеттік Думасына депутат болып сайланды.
