Қалыптасып отырған мемлекеттік аппарат тұтас жүйе ретінде жекелеген жүйе ішілік жүйелерден тұрады, яғни өз міндеттерін және өз құзыреттіліктерін мемлекеттік қызметке қатысты шешетін жекелеген органдар. Мемлекет органдары өзара құрылу тәсілі бойынша, сипаттары мен құзырлық көлемі, әдістері бойынша олардың мемлекеттік қызметті атқару формалары бойынша ерекшеленеді.
Мемлекеттік аппарат құрылымы ретінде оның ішкі құрылымын, аппарат құрамы звеносының орналасу реті және олардың қатынастары түсіндіріледі'. Мемлекеттік аппарат құрылымы оның қай органда екенін көрсетеді, олардың өзара қатынастары мен субординациясы қандай екенін көрсетеді, мемлекеттік аппараттың қызметінің қандай принциптерге құрылғанын көрсетеді. Мемлекеттік аппарат құрылымы негізінде мемлекеттік органға классификация беру мүмкіндігі туады.
Оқу әдебиеттерінде мемлекеттік органды классификациялау бірдей емес. Мысалы, авторлар мемлекеттік органға оның құрылуы бойынша олардың міндетті орындауы бойынша классификация береді. Аталған негіздерге сәйкес мемлекеттік органдар негізгі үш негізгі топқа бөлінеді, өкілдік органдары, атқарушы органдар, сот (құқық қорғау) органдары, сонымен қатар конституциялық бақылау органы2. Онда бірегей классификация жоқ екенін көру қиынға соқпайды немесе үшінші топқа әр түрлі қызметтері бар және құзыреттіліктері әр түрлі мемлекеттік органдар кіреді.
Басқа авторлар қазіргі заманға сәйкес мемлекеттік аппараттың маңызды жиі кездесетін жүйесі ретінде мына мемлекеттік билік органын санайды, мемлекеттік басқару органы жүйесі, сот органдары жүйесі және прокуратура органы жүйесі3. Аталған классификация толық емес болып көрінеді, яғни бақылау-қадағалау уәкілеттіктердің барлығы көрсетілмеген. Сонымен қатар бірінші топтан басқа барлық органдардың мемлекеттік билігі жоқ ол шындыққа сәйкес емес.
Мемлекеттік органды классификациялаудың басқа да критерийлері бар: мемлекеттік қондырғы, қызмет саласы және жалпы басқармашылық қызметтер; аумақтық қызмет шектері және құзыреттілік сипаты, қаржыландыру көздері және материалдық құралды бөлу әдістері және т.б. мемлекеттік органды классификациялау мәселесі бойынша толық емес шолулар да аталған мәселенің қолданыстағы заңнама негізіндегі және мемлекеттік практика негізіндегі әрі қарай теориялық сипаттауын көрсетеді.
Мемлекеттік органдарды классификациялау бірінші кезекте танымдылық мақсатта болады. Осыдан келіп мемлекеттік органды классификациялауды әр түрлі негізді жүргізуге болады (мемлекет қызметі бойынша, құзыреті бойынша аумақтық көлемі бойынша және т.б.) сондықтан қандайда болмасын классификация шартты түрде болады. Ол мемлекеттің негізін көрсетуі маңызды болып саналады, ол мемлекеттік органның нақты құрылымын қызметтерін көрсетуі керек.
Аталған оқулықта классификация негізі мемлекеттік органдар құзыретінен алынып отыр. Құзыретке мына қызметтік мақсаттар мен мемлекеттің уәкілдіктері кіреді. Құзыреттілік мемлекеттік органның құқықтық мәртебесіне байланысты болады және мемлекеттік басқару жүйесінің қызметіне тәуелді болады.
Мемлекеттік органның әлеуметтік міндеттері мемлекеттің қызметінен шығады.
Мемлекеттік объективтік және тікелей байланыстары және мемлекеттік органның қызметтері анық (немесе мемлекеттің қызметін мемлекеттік аппарат жүзеге асырады) мемлекеттік органда бірінші кезекте «мемлекеттің қызметі мен басқару қызметтері бірігеді». Онда да мемлекеттік органның қызметтері мен міндеттері мемлекеттің қызметі мен міндеттеріне толық сәйкес болуы керек, оны жүзеге асыруға сәйкес болуы керек'. Осыдан келіп мемлекеттің қызметінің қандайда бір өзгерістері мемлекеттік органның қызметтерін өзгеруін тудырады және оның құрылымының өзгерістерін тудырады.
Ал уәкілеттік туралы айтар болсақ ол қуатты күш болып табылады, ол арқылы мемлекеттік органның қызметтерін жүзеге асыру жүргізіледі. Мемлекеттік билікті жоғары деңгейде алғанда (абстракциялау) мемлекеттің атрибутивтік белгісі. Мемлекеттік биліктің баспа-құқықтық қатынастарында ұйымдастырылған, реттеушілік биліктер байланысты, олар байланыстың қоғамдық көзқарастарына реттеушілік әсер етеді, адамдардың өзін ұстауы мен санасына реттеушілік әсер етеді, оның ресми түрде өзін ұстауына және әлеуметтік пайдалы мақсаттарына қол жеткізуге әсер етеді.
Мемлекеттік билік жалғыз, сондықтан ол бөлінбейді. Қазақстан Республикасының Конституциясына сәйкес мемлекеттік биліктің жалғыз көзі – халық болып табылады. Халық билікті республикалық референдум арқылы жүзеге асырады, сонымен қатар өзінің билігін мемлекеттік органдарға өкілеттік береді. Билікті ешкім де иеленіп кете алмайды, себебі ол заңмен қудаланады.
Мемлекеттік аппарат деңгейінде мемлекеттік билік мемлекеттік орган уәкілеттігі түрінде көрінеді, онда мемлекеттік билік мемлекеттік органдар арасында бөлінбейтінін ерекше айтып өту қажет. Мемлекеттік органдар мемлекеттік биліктің құзыреті шегінде мемлекеттік биліктің жеке «бөліктерін» иелену емес. Өз құзыретін жүзеге асыру арқылы мемлекеттік органдар мемлекет атынан және өз атынан ерекше басқару субъектісі ретінде әр түрлі қатынастарға түседі. Билік уәкілеттіктері мемлекеттік органның қызметтерін нақты жүзеге асыру үшін жеткілікті болуы керек.
Айтылғандарды ескере отырып мемлекеттік аппараттың құрылымын мына түрде елестетуге болады: уәкілеттік органдар, атқарушы органдар, сот органдары, бақылау-қадағалау органдары.